C’est une période de changement en Amérique. Des forces s’alignent d’une manière qui n’avait pas été imaginée auparavant pour permettre la possibilité de progrès substantiels dans la prévention des infections associées aux soins de santé. En janvier 2009, le ministère américain de la santé et des services sociaux a publié un projet de plan d’action pour la prévention des infections associées aux soins de santé, confirmant son engagement à réunir des experts, des décideurs, des régulateurs et des organismes de financement, afin d’élaborer un plan stratégique visant à réduire de manière significative l’incidence des infections associées aux soins de santé. Dans le contexte de ce nouveau monde, O’Fallon et al. offrent la promesse de données qui aideront au « développement de directives efficaces pour la prévention de la propagation des MDRGNB dans le cadre des soins de santé ». Dans leur article publié dans ce numéro de Clinical Infectious Diseases, intitulé « Colonization with Multidrug-Resistant Gram-Negative Bacteria : Prolonged Duration and Frequent Cocolonization » , O’Fallon et ses collègues décrivent l’histoire naturelle de la colonisation par des bactéries gram-négatives multirésistantes (BMGNR) au sein d’une petite cohorte de résidents âgés de maisons de retraite au fonctionnement médiocre. Leurs principales conclusions sont bien résumées dans le titre de leur article : la colonisation simultanée avec plus d’un organisme est fréquente, et la durée de la colonisation est prolongée.

O’Fallon et ses collègues tiennent-ils leurs promesses ? Leurs conclusions éclairent-elles les efforts visant à prévenir la propagation du MDRGNB ou, plus important encore, à prévenir les infections associées aux soins de santé dues au MDRGNB ? Dans la mesure où leurs résultats confirment l’histoire naturelle que nous aurions pu prédire et aident à clarifier ce que nous ne devrions pas faire, l’étude pourrait être considérée comme un premier pas dans la bonne direction.

Le constat de l’étude selon lequel 20% des sujets étaient colonisés par au moins une souche de MDRGNB n’est pas une grande surprise. Ce taux de portage est conforme aux taux récemment rapportés de portage de certaines bactéries gram-négatives chez les patients nouvellement hospitalisés (7 %), les végétariens en bonne santé (14 %) et les patients saoudiens hospitalisés (26 %). La persistance de ces souches n’est pas non plus inattendue, étant donné les preuves publiées concernant la persistance à long terme des souches d’Escherichia coli . Les auteurs ne parlent pas des 80 % de sujets qui n’étaient pas porteurs de MDRGNB, mais on peut supposer que la majorité d’entre eux étaient colonisés par d’autres bactéries gram-négatives, comme la plupart des humains, et que l’histoire naturelle de leur colonisation pourrait être similaire. En bref, il est probable que tous les résidents de cette maison de retraite (et, en fait, la plupart des individus dans la population générale) sont porteurs de bactéries gram-négatives dans leurs selles.

Une fois présentes dans les selles, les MDRGNB causent-elles des dommages aux patients ? O’Fallon et ses collègues ne rapportent pas de données concernant les infections cliniques ou des preuves de transmission croisée des souches de MDRGNB entre les sujets. La littérature nous apprend que la plupart des patients qui hébergent des MDRGNB dans leurs intestins ne développent pas d’infection (bien qu’il soit clair que la colonisation intestinale précède souvent l’apparition de l’infection). Les infections bactériennes gram-négatives cliniques peuvent être à l’origine d’une morbidité et d’une mortalité importantes ; de plus, les organismes multirésistants posent des problèmes de traitement. La prévention de ces infections est un effort louable.

Comment l’étude actuelle d’O’Fallon et al. guide-t-elle nos interventions ? Compte tenu de leur constatation de la persistance à long terme de la colonisation par les MDRGNB, O’Fallon et ses collègues concluent qu’il n’y a pas de rôle pour les cultures de surveillance des selles dans la gestion de la colonisation fécale. Je suis d’accord. Les cultures de selles révéleront toujours la présence de bactéries susceptibles de provoquer une infection associée aux soins de santé. Les interventions visant à empêcher les selles d’accéder aux sites stériles et à réduire la contamination fécale croisée entre patients devraient être universellement pratiquées ; ni leur mise en œuvre ni leur interruption ne devraient être déterminées par la présence ou l’absence de souches spécifiques de bactéries fécales. Mais, au-delà des bonnes pratiques de prévention des infections, y a-t-il un rôle à jouer dans l’éradication des organismes spécifiques que nous trouvons dans les selles ? Si tel est le cas, l’éradication est-elle même possible ? Et si elle est possible, quelles sont les conséquences involontaires des interventions visant des organismes individuels ?

Si nous souhaitons envisager des stratégies pour interrompre l’histoire naturelle de la colonisation par les bactéries gram-négatives, une compréhension plus approfondie du microenvironnement fécal et des façons dont nous l’influençons sciemment ou non est utile. Cette communauté diversifiée, qui compte littéralement des milliards d’organismes, est affectée par toute une série de facteurs, allant de la simple consommation alimentaire et de l’exposition aux médicaments à des facteurs génétiques, écologiques et évolutifs complexes. O’Fallon et ses collègues ne spéculent pas sur la source des MDRGNB spécifiques dans les selles de leurs sujets et n’ont pas été en mesure d’identifier les facteurs de risque pour leur persistance dans cette population assez homogène. L’exposition antérieure aux antibiotiques était fréquente. L’incontinence fécale était presque universelle, mais les données concernant l’incontinence urinaire et la présence de cathéters urinaires ne sont pas rapportées, pas plus que les données sur l’utilisation de tubes d’alimentation ou les détails de l’apport alimentaire. Des facteurs tels que ceux-ci peuvent affecter le tractus intestinal humain d’une manière qui pourrait modifier son hospitalité aux bactéries colonisatrices ou pathogènes (et peut-être expliquer l’observation que la colonisation avec les espèces Proteus semblait être particulièrement persistante dans cette étude).

Les changements spécifiques associés au vieillissement, qui sont potentiellement pertinents pour cette population d’étude, ont probablement des effets profonds sur la capacité de certaines bactéries gram-négatives à établir une résidence intestinale. Un article de synthèse récent a souligné les changements dans le goût, l’odeur, la mastication et la déglutition qui peuvent affecter la prise alimentaire, ainsi que les changements dans l’acidité de l’estomac et la motilité intestinale qui affectent l’environnement chimique de l’intestin. En association avec ces changements physiques et chimiques, des changements marqués se produisent dans le microbiote intestinal, même chez les adultes âgés en bonne santé, notamment une réduction du nombre et de la diversité des anaérobies bénéfiques et une augmentation des espèces de Clostridia et des anaérobies facultatifs. Il est certainement plausible que des changements similaires puissent se produire dans les intestins des patients gravement malades.

En réponse à la colonisation par les MDRGNB, une focalisation étroite sur l’élimination des « mauvais microbes » pourrait nous amener à envisager des interventions telles que la décontamination sélective du tube digestif ou la décontamination oropharyngée sélective. Ces stratégies peuvent éliminer les bactéries nuisibles de l’intestin à court terme, et elles peuvent même prévenir l’infection pendant des périodes limitées à haut risque, comme pendant une opération du côlon ou un séjour en unité de soins intensifs . Pourtant, même les agents antimicrobiens au spectre le plus étroit affectent de nombreux micro-organismes intestinaux bénéfiques, dont beaucoup ne sont même pas cultivables, mais qui exercent une multitude d’actions favorables à la santé . De plus, l’éradication d’un organisme est susceptible d’ouvrir la voie à la survie d’un autre. En tant que stratégie à long terme, l’éradication séquentielle d’organismes de plus en plus résistants est susceptible d’être futile au mieux et, au pire, potentiellement nuisible pour les patients.

Une approche plus attrayante peut consister à modifier l’environnement intestinal de manière à prévenir ou à réduire la durée de la colonisation par des organismes potentiellement pathogènes. Si les perturbations de l’équilibre normal de la microflore intestinale provoquées par l’alimentation, les médicaments, le vieillissement ou d’autres facteurs permettent aux MDRGNB d’établir leur résidence dans l’intestin humain, les interventions qui rétablissent la flore normale pourraient aboutir à leur élimination. L’utilisation de probiotiques, de prébiotiques et de synbiotiques peut être un moyen de parvenir à cette restauration. Des preuves intrigantes ont été accumulées sur des interventions allant de la « bactériothérapie fécale » pour traiter avec succès la colite à Clostridium difficile à l’utilisation de probiotiques, tels que Bifidobacterium longum et Lactobacillus acidophilus, en combinaison avec des prébiotiques pour inhiber la croissance des entéropathogènes chez les patients recevant des antibiotiques . Ces interventions méritent une étude clinique plus approfondie, car elles semblent avoir moins de conséquences néfastes involontaires.

En dernière analyse, cependant, notre compréhension du microenvironnement fécal en est à ses débuts. Bien que nous ayons certainement la capacité d’influencer la communauté microbienne complexe qui habite l’intestin humain, notre capacité à contrôler les effets de nos interventions est limitée, et le potentiel de dommages involontaires, surtout à long terme, est important. Du point de vue pragmatique d’un épidémiologiste hospitalier, la chose la plus importante à savoir est peut-être que, peu importe si et comment nous choisissons d’intervenir, nous commencerons et finirons avec un intestin plein de bactéries, dont beaucoup pourraient devenir des agents pathogènes responsables d’une infection associée aux soins de santé.

La collaboration avec les chercheurs qui travaillent à l’exploration du microenvironnement intestinal humain pourrait finalement révéler de nouvelles façons de préserver et de protéger la communauté dynamique qui s’y trouve, pour le bénéfice des humains et des milliards d’organismes qui y vivent. En attendant, il est peut-être temps de reconsidérer la sagesse d’étiqueter et de cibler les « mauvais microbes » (une nomenclature qui implique elle-même une perspective limitée et centrée sur l’homme) et de s’attacher plutôt à les contenir dans leurs réservoirs naturels, où ils sont moins susceptibles de nuire. Bien que nous soyons à la recherche d’une meilleure compréhension et d’outils plus élégants, une meilleure adhésion à des stratégies éprouvées et universellement applicables telles que l’hygiène des mains, les précautions contre les barrières lors des soins aux patients incontinents et l’utilisation appropriée de la thérapie antimicrobienne pour minimiser l’altération de la flore intestinale nous sera utile.

Notre monde change ; beaucoup de bien peut être fait grâce à des efforts de collaboration et de coopération. Alors que nous forgeons de nouvelles alliances dans notre quête pour éliminer les infections associées aux soins de santé évitables, nous pourrions également envisager un appel à de nouvelles façons mutuellement bénéfiques de coexister avec la flore microbienne du monde . Les bactéries de l’intestin peuvent être un excellent point de départ.

Remerciements

Conflits d’intérêts potentiels.K.B.K. : aucun conflit.

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