Ce chapitre donne un aperçu des champignons et des algues eucaryotes car ces deux groupes partagent une gamme de morphologies – c’est-à-dire du filamenteux au cellulaire. Les champignons lient le sol par leur forme filamenteuse, leurs exsudats et leurs interactions trophiques avec tous les autres groupes d’organismes du sol. Les champignons sont extrêmement importants dans le cycle du carbone et de l’azote en raison de leur capacité à dégrader des substrats complexes d’origine végétale, qui représentent jusqu’à 90 % de la productivité primaire nette dans la plupart des écosystèmes terrestres. En outre, les symbioses généralement mutualistes, appelées « mycorhizes », entre de nombreux champignons et les racines des plantes, ainsi que les interactions parasitaires à l’origine de nombreuses maladies des plantes, ont des répercussions considérables en termes écologiques et économiques. Les marges temporairement ou définitivement humides des rivières, des lacs et des étangs, ainsi que les substrats tourbeux des tourbières et des fagnes, abritent de nombreuses algues d’eau douce qui ne se développent pas loin de l’eau. Les divers sols de l’agriculture tempérée et tropicale, les prairies, les forêts, la toundra arctique et alpine et même les déserts abritent également une flore étonnamment diverse et active d’algues eucaryotes et de cyanobactéries. Ce chapitre élabore la classification et les caractéristiques des champignons et des algues eucaryotes ainsi que les rôles écologiques de ces groupes dans le sol.