Uganda on kärsinyt ajoittaisista konflikteista vuoden 1962 itsenäistymisen jälkeen. Vuonna 1967 ensimmäinen pääministeri, tohtori Milton Obote, syrjäytti maan ensimmäisen presidentin Sir Edward Mutesa II:n ja julisti Ugandan tasavallaksi. Sen jälkeen seurasi useita sotilasvallankaappauksia ja väkivaltaisia hallintoja – muun muassa Idi Aminin hallinto (1971-1979) – jotka ovat sittemmin johtaneet satojen tuhansien ihmisten kuolemaan ja ugandalaisten pitkään jatkuneeseen kärsimykseen. 55 vuotta itsenäistymisen jälkeen maassa ei ole vielä nähty demokraattista vallanvaihtoa johtajalta toiselle.
Viimeisin vallankaappaus vuonna 1986 toi nykyisen presidentin Yoweri Musevenin valtaan. Hänen hallituksensa on kohdannut eri ryhmien aseellista vastustusta eri puolilla maata. Diktatuurin ja manipuloinnin risteytyksellä Museveni on pitänyt tiukasti kiinni maan vallan manttelista viimeiset 31 vuotta.
Uganda on 1990-luvulta lähtien käynyt useita sisällissotia, joista pitkäkestoisin on ollut 20 vuotta kestänyt sota Joseph Konyn Herran vastarinta-armeijaa (Lord’s Resistance Army, LRA) vastaan, jonka tavoitteena oli perustaa kymmeneen käskyyn perustuva valtio. LRA:sta tuli surullisen kuuluisa 60 000 lapsen sieppaamisesta lapsisotilaiksi ja seksiorjiksi.
Juban rauhanneuvotteluja seurasi vakausjakso vuosina 2006-2008, mutta väkivaltaisuudet alkoivat pian uudelleen sen jälkeen, kun epäonnistunut sotilaallinen hyökkäys LRA:n hävittämiseksi piilopaikoistaan Garambassa johti sen nykyisiin hyökkäyksiin Keski-Afrikan tasavallassa ja osissa Kongon demokraattista tasavaltaa.
Vuonna 2005 LRA:n viisi tärkeintä johtohahmoa asetettiin syytteeseen sotarikoksista ja rikoksista ihmisyyttä vastaan. Vuoteen 2017 mennessä vain yksi nuorempi komentaja, Dominic Ongwen, on joutunut oikeuteen kansainvälisessä rikostuomioistuimessa. Kony on kuitenkin edelleen vapaalla jalalla. Yhdysvaltain tukema Afrikan unionin alueellinen työryhmä on työntänyt ryhmän takaisin, ja se ilmoitti tehtävänsä päättyneen toukokuussa 2017. Jotkut analyytikot kuitenkin väittävät, että aktiiviset hajaannukset Keski-Afrikassa viittaavat mahdolliseen uuteen nousuun.
Vaikka Museveni on aiemmin sitoutunut demokratiaan ja ihmisoikeuksiin, hän myös poisti virkakautensa rajoituksen. Hänen useita uudelleenvaalejaan ovat varjostaneet syytökset vaalivilpistä ja väkivallasta. Vuonna 2016 hänen vastustajansa, tohtori Kizza Besigye, ja hänen kannattajansa joutuivat turvallisuusjoukkojen väkivaltaisen ahdistelun kohteeksi, ja ne toimivat näennäisesti rankaisematta. Syyskuussa 2017 Museveni aloitti parlamentissa voimakkaan aloitteen perustuslain 102 pykälän b kohdan muuttamiseksi siten, että Ugandan presidenttikauden aikarajoitukset poistettaisiin ja mahdollistettaisiin elinikäinen presidentin virka.
Miljoona sudanilaista pakolaista on myös paennut Ugandaan sisällissotaa, mikä lisää painetta Ugandan valtiolle ja yhteiskunnalle.