Sienihäntäiset, jotka kuuluvat Sciaridae-heimoon, voivat olla tuholaisia. Ne ovat yleensä vaarattomia terveille kasveille – ja ihmisille – mutta voivat aiheuttaa laajoja vahinkoja taimille; niiden esiintyminen voi viitata vakavampiin ongelmiin. Huonekasveissa sciaridien esiintyminen voi viitata ylikasteluun; ne voivat syödä juuria, jotka ovat olleet vedessä liian kauan ja siten mätänevät, tai luteet voivat houkutella sieniä, jotka kasvavat kyllästyneessä pintamaassa. Näin ollen maaperän kuivumisen salliminen voi vähentää niiden määrää. Tuholaisia torjutaan toisinaan myös asettamalla kasveja ympäröivän maan päälle kerros hiekkaa tai sisätiloissa käytettävää multaa, istuttamalla maahan Hypoaspis miles -punkkeja tai levittämällä biologista Bacillus thuringiensis (var. israelensis) -myrkkyä, joka tappaa nilviäisten toukkia, sekä kastelemalla maaperä vuosittain hyönteismyrkyllisellä saippualla. Vetyperoksidia voidaan sekoittaa veteen ja käyttää tappamaan sienihyttysten toukkia saastuneessa maaperässä siten, että yksi osa 3-prosenttista vetyperoksidia sekoitetaan neljään osaan vettä ja levitetään sitten maaperään. Aikuisia voidaan pyydystää tahmeilla ansoilla, jotka on tehty keltaisesta kartongista tai liimalla päällystetystä raskaasta paperista, koska aikuiset tuntevat vetoa keltaiseen väriin.

Koska sienihyttyset ovat heikkoja lentäjiä, viuhkaperäisiä ansoja sekä muita kärpästen tappamiseen tarkoitettuja välineitä voidaan käyttää apuna vapaana lentävien sienihyttysten torjunnassa, erityisesti sisätiloissa. On olemassa useita myrkyllisiä ja myrkyttömiä menetelmiä sieniruttojen ja niiden toukkien torjuntaan, mukaan lukien sukkulamatot, diatomaattinen maa tai jauhemainen kaneli.

Kaupallisissa kasvihuoneissa käytetään tyypillisesti hyönteisten kasvua säätelevää diflubentsuronia sieniruttojen ja niiden toukkien torjuntaan. Sitä levitetään saastuneeseen maaperään ja se tappaa sienihyttysten toukat 30-60 päivän ajan yhdestä käyttökerrasta. Sen vaikutusmekanismi on haitata kitiinin tuotantoa ja laskeutumista, ja se myös saa hyönteisten toukat molttaantumaan ennenaikaisesti ilman kunnolla muodostunutta ulkoluurankoa, mikä johtaa toukkien kuolemaan. Vaikka se on suunnattu sieniruttojen toukkiin, sen käytössä on noudatettava varovaisuutta, koska se on erittäin myrkyllistä vedessä eläville selkärangattomille. Diflubentsuronilla ei yleensä ole myrkyllistä vaikutusta aikuisiin, vaan ainoastaan toukkiin.