Vuoden 1959 Kuuban vallankumouksen jälkeen Kuuba rajoitti uskonnon harjoittamista, mikä johti monien katolilaisten vainoamiseen yliopistoissa ja työpaikoilla. Hallitus tunnustaa perustuslaissaan kansalaisten oikeuden tunnustaa ja harjoittaa mitä tahansa uskonnollista vakaumusta lakia kunnioittaen, mutta käytännössä hallitus kuitenkin rajoittaa uskonnonvapautta.
Tutkimuksissa on tiettävästi yritetty yhdistää afrokuubalaiset uskonnot mielisairauksiin.Kampanjaa rotusyrjinnän poistamiseksi Kuubasta käytettiin (ja käytetään edelleen) syynä kieltää afrokuubalaisten instituutioiden perustaminen, koska se leimattiin rotuerotteluksi.
1970-luku oli myrskyisä, ja monet uskovaiset päättivät piilottaa uskonsa vastauksena valtion vainoihin. Monet vanhemmat eivät halunneet rasittaa lapsiaan vaikeuksilla, joita nämä perisivät, jos heidät kastettaisiin kristityiksi, eivätkä siksi kasvattaneet heitä sellaisiksi. Vuonna 1971 Havannan arkkihiippakunta ilmoitti vain 7000 kastetta, mutta vuonna 1989 luku nousi 27 609:ään ja vuonna 1991 33 569:ään.
Vuonna 1985 Havannan valtioneuvosto julkaisi bestseller-kirjan nimeltä Fidel ja uskonto, joka oli lyhennetty transkriptio 23 tuntia kestäneistä haastatteluista Fidel Castron ja brasilialaisen vapautuksen teologian munkin nimeltä Frei Betto välillä, jolle julkaisun ulkopuolella annettiin vastuu siitä, että ei-ateistit suljettiin pois kommunistisen puolueen jäsenyydestä sillä perusteella, että:
Vaadimme marxismi-leninismin täydellistä noudattamista… Puolueeseen liittyneiden tuli hyväksyä puolueen politiikka ja oppi kaikilta osin.
Seuraavina vuosina ja Neuvostoliiton hajoamisen jälkeen valtio omaksui sovittelevamman kannan uskontoa kohtaan ja vähensi ateismin edistämistä. Marraskuussa 1991 kommunistinen puolue alkoi ottaa uskovia jäsenikseen. Heinäkuussa 1992 perustuslakia muutettiin siten, että siitä poistettiin määritelmä, jonka mukaan Kuuba on marxismi-leninismiin perustuva valtio, ja siihen lisättiin 42 pykälä, jossa kielletään uskonnolliseen vakaumukseen perustuva syrjintä.
Kuuban yhteiskunta oli kuitenkin 1990-luvun alkuun mennessä, kolmen vuosikymmenen ajan jatkuneen valtiollisen ateismin jälkeen, lähes täysin maallistunut. Viikoittainen kirkossakäynti 11 miljoonan asukkaan saarella arvioitiin noin 250 000:ksi eli noin kahdeksi prosentiksi väestöstä (jakautuen tasan katolilaisten ja protestanttien kesken).Kuubassa oli vähemmän pappeja asukasta kohti kuin missään muussa Latinalaisen Amerikan maassa.
Vuoden 1998 jälkeen rajoituksia on lievennetty, ja myös valtion laitosten asettamat haasteet uskontoon uskomista koskevalle oikeudelle ovat lieventyneet, vaikkakin kirkkoon kohdistuu edelleen rajoituksia kirjallisessa ja sähköisessä viestinnässä, ja kirkko voi ottaa vastaan lahjoituksia vain valtion hyväksymistä rahoituslähteistä. Katolinen kirkko koostuu Kuuban katolisesta piispainkokouksesta (COCC), jota johtaa Havannan kardinaaliarkkipiispa Jaime Lucas Ortega y Alamino. Sillä on yksitoista hiippakuntaa, 56 nunnaluostaria ja 24 pappisluostaria.
Kuuban piispainkokous on suhtautunut hyvin kriittisesti Yhdysvaltain Kuuban vastaiseen kauppasaartoon ja väittänyt, että koko väestö on kärsinyt siitä. Yhdysvaltain katolisten piispojen konferenssi on saanut tästä vaikutteita ja vaatinut, että elintarvikkeet ja lääkkeet olisi jätettävä kauppasaarron ulkopuolelle.
Tammikuussa 1998 paavi Johannes Paavali II teki historiallisen vierailun saarelle Kuuban hallituksen ja katolisen kirkon kutsusta. Hän kritisoi vierailunsa aikana Yhdysvaltojen saartoa.
20. lokakuuta 2008 Kuuban ensimmäinen ortodoksinen kirkko avattiin virallisessa seremoniassa, johon Raúl Castro osallistui.