Elinympäristöt
Kilpikonnat ovat sopeutuneet huomattavan moniin erilaisiin ympäristöihin, mutta eniten lajeja esiintyy Kaakkois-Pohjois-Amerikassa ja Etelä-Aasiassa. Molemmilla alueilla useimmat lajit ovat vesieläimiä, jotka elävät vesistöissä pienistä lammista ja soista suuriin järviin ja jokiin. Muutamat lajit ovat puhtaasti maaeläimiä (kilpikonnat), ja toiset jakavat aikaansa maa- ja vesialueiden välillä. Vaikka kilpikonnat levittäytyvät laajalle, jokaisella lajilla on suosikkielinympäristönsä, ja niitä tavataan harvoin muualla. Esimerkiksi sekä piikkikilpikonna (Gopherus polyphemus) että itäinen laatikkokilpikonna (Terrapene carolina) elävät Yhdysvaltojen eteläosissa, ja ne ovat yhtä lailla maaeläimiä, mutta niitä ei tavallisesti tavata yhdessä, sillä laatikkokilpikonna suosii kosteaa metsää ja piikkikilpikonna avointa metsää hiekkaharjanteilla. Itäistä mutakilpikonnaa (Kinosternon subrubrum) pidetään yleisesti vesikilpikonnana, mutta se viettää kesäkuukaudet lepotilassa, jossa se piileskelee kasvillisuuden alla lammikoiden ja purojen elinympäristöihin rajoittuvissa metsissä. Alligaattorikilpikonna (Macrochelys temmincki) elää Yhdysvaltain Persianlahden rannikon syvissä, hitaasti virtaavissa puroissa ja selkävesissä. Karttakilpikonnat (Graptemys) puolestaan valitsevat samojen purojen nopeammin virtaavat vedet. Suolakilpikonna (Malaclemys terrapin) elää murtoveden rannikon suistoalueilla ja soilla Cape Codista, Massachusettsista Padre Islandille, Texasiin. Joissakin tapauksissa nuoret merikilpikonnat jakavat nämä suistot; suuremmat ja vanhemmat merikilpikonnat uivat rannikkovesissä rannikon edustalla mannerjalustan keskiosiin.
Etelä-Aasian kilpikonnien keskuudessa on havaittavissa vertailukelpoinen valikoima lajeja ja suosittuja elinympäristöjä. Etelä-Aasiassa on laaja valikoima elinympäristöjä ja ympäristöjä, jotka vaihtelevat aavikosta sademetsään ja matalista trooppisista meristä jäiseen vuoristometsään. Kilpikonnia tavataan useimmissa näistä elinympäristöistä, joskin enimmäkseen matalilla paikoilla ja vesistöissä. Pehmeäkilpikonnien (Trionychidae-heimo) monimuotoisuus on suurin Aasiassa, ja niitä esiintyy useimmissa vesistöissä pienistä lammista suuriin jokiin. Intian ja Burman läppäkilpikonnat (Lissemys-suku) ovat kaikkialle levinneet hitaasti virtaavissa puroissa ja riisipelloilla. Niiden mutaväritys ja suhteellisen pieni koko (selkäkilpikonnat jopa 28 cm) tekevät niistä huomaamattomia, ja ne jäävät todennäköisemmin huomaamatta kulttuureissa, joissa kaikkia kilpikonnia pidetään ravinnoksi tai lääkkeeksi kerättävinä. Toisaalta niiden jättimäiset serkut, kapeapäiset pehmeäkilpikonnat (Chitra-suku) ja aasialaiset jättimäiset pehmeäkilpikonnat (Pelochelys-suku), asuttavat suuria, syviä jokia, ja niiden kuoren pituus on yli 1 metri (39 tuumaa). Niitä suojellaan huonosti elinympäristön häviämiseltä ja pyynniltä, ja jotkut niistä ovat erittäin uhanalaisia lajeja. Kaikki pehmeäkilpikonnat ovat pääasiassa lihansyöjiä, vaikka läppäkilpikonnat syövätkin jonkin verran kasviainesta.
Aasialaiset lammikko- tai jokikilpikonnat (suku Geoemydidae) ovat monimuotoisempia kuin niiden pohjoisamerikkalaiset sukulaiset (Emydidae). Aasialaisten laatikkokilpikonnien (Cuora-suku) kuudesta kahdeksaan lajia ovat yleensä enemmän vesieläimiä kuin amerikkalaiset laatikkokilpikonnat, ja ne viettävät suuren osan ajastaan metsälammissa ja puroissa. Pehmeäkilpikilpikonnien tapaan Aasiassa on kaksi suurinta lammikkokilpikonnalajia – Aasian jokikilpikonna eli batagur (Batagur baska) ja maalatut kilpikonnat (Callagur borneoensis) – joiden kuoren pituus on jopa puoli metriä (noin 20 tuumaa) ja paino jopa 25 kiloa (55 paunaa). Molemmat ovat vuorovesilajeja, jotka sietävät suolapitoisuutta noin puoleen meriveden suolapitoisuudesta, ja molempien ruokavalioon kuuluu runsaasti vesikasvillisuuden hedelmiä ja lehtiä.
Aasiassa on muutamia kilpikonnia, joista laajimmalle levinnyt on pitkulainen kilpikonna (Indotestudo elongata), jota tavataan erilaisissa avoimissa metsäympäristöissä. Vaikka se on pääasiassa kasvinsyöjä, se syö myös selkärangattomia eikä kaihda raadon syöntiä.
Kilpikonnat voivat olla hyvin yleisiä joissakin elinympäristöissä, vaikka monin paikoin ihmisen toiminta on vähentänyt niiden kantoja. Kilpikonnat voivat myös saavuttaa yllättävän korkeita tiheyksiä, ja punakorvakilpikonnalla voi olla jopa 300 yksilöä hehtaarilla (120 yksilöä hehtaarilla). Pohjoisamerikkalainen suokilpikonna (Clemmys muhlenbergi) sen sijaan elää eristyksissä, ja kullakin suolla on vain tusina tai vähemmän aikuisia yksilöitä. Intian valtamerellä elävää Aldabran jättiläiskilpikonnaa (Geochelone gigantea) on suojeltu vaatimattomasti, minkä seurauksena sen kokonaispopulaatio on joidenkin arvioiden mukaan noussut yli 100 000 yksilöön, ja sen tiheys on joillakin alueilla 30-160 yksilöä hehtaarilla (12-64 yksilöä hehtaarilla). Kansainvälinen luonnonsuojeluliitto IUCN (International Union for Conservation of Nature) on luokitellut Aldabran jättiläiskilpikonnan haavoittuvaksi vuodesta 1996.