Sateettomuudesta huolimatta Egyptin luonnonkasvillisuus on monipuolista. Suuri osa läntisestä aavikosta on täysin vailla minkäänlaista kasvillisuutta, mutta siellä, missä on jonkinlaista vettä, kasvaa tavanomaista aavikkokasvillisuutta, monivuotisia kasveja ja ruohoja; rannikkokaistaleella on keväisin runsas kasvillisuus. Itäinen aavikko saa niukasti sadetta, mutta siellä kasvaa monipuolista kasvillisuutta, johon kuuluu tamariskia, akaasiaa ja markhia (lehdetön, piikitön puu, jolla on paljaat oksat ja hoikat oksat) sekä suuri valikoima piikikkäitä pensaita, pieniä mehikasveja ja aromaattisia yrttejä. Tämä kasvusto on vieläkin silmiinpistävämpää Punaisenmeren kukkuloiden ja Siinain wadeilla sekä ʿIlbah (Elba) -vuorilla kaakossa.

Niilillä ja kastelukanavilla ja ojilla kasvaa monia vesikasvilajeja; antiikin lootusta tavataan suiston kuivatuskanavissa. Ruohoja on yli 100 erilaista, muun muassa bambua ja espartoa (ḥalfāʾ), karkeaa, pitkää ruohoa, joka kasvaa veden lähellä. Kestävät monivuotiset ruovikot, kuten espanjaruoko ja ruoko, ovat laajalti levinneet Ala-Egyptiin, mutta antiikin aikana viljeltyä papyrusta tavataan nykyään vain kasvitieteellisissä puutarhoissa.

Taatelipalmua, sekä viljeltyä että subspontaania, tavataan kaikkialla suistossa, Niilin laaksossa ja keitaissa. Doum-palmu (Hyphaene thebaica; afrikkalainen viuhkapalmu) on tunnistettu erityisesti Ylä-Egyptiin (Niilin laakson eteläosaan) ja keitaille, vaikka niitä on hajanaisesti muuallakin.

Kotoperäisiä puita on hyvin vähän. Foinikialainen kataja on ainoa kotoperäinen havupuu, vaikka viljeltyjä havupuulajeja on useita. Akaasia on laajalti levinnyt, samoin eukalyptus ja sycamore. Useat 1800-luvulla maahantuodut Casuarina-suvun lajit ovat nykyään maan tärkeimpiä puutavaralajeja. Muut ulkomailta tuodut puut, kuten jacaranda, royal poinciana (puu, jolla on oranssit tai tulipunaiset kukat) ja lebbek (Albizia lebbek; palkokasvi), ovat tulleet Egyptin maiseman tunnusomaisiksi piirteiksi.

Kotieläimiin kuuluu puhveleita, kameleita, aaseja, lampaita ja vuohia, joista jälkimmäinen on erityisen näkyvästi esillä egyptiläisellä maaseudulla. Muinaisegyptiläisissä friiseissä niin näkyvästi esiintyviä eläimiä – hippopotamuksia, kirahveja ja strutseja – ei enää esiinny Egyptissä; krokotiileja tavataan vain Aswānin suurpadon eteläpuolella. Suurin villieläin on aoudad (parrakkaan lampaan laji), joka elää läntisen aavikon eteläisillä luodoilla. Muita aavikkoeläimiä ovat Dorcas- gaselli, fennec (pieni aavikkokettu), nubialainen kivisika, egyptiläinen jänis ja kaksi lajia jerboa (hiiren kaltainen jyrsijä, jolla on pitkät takajalat hyppimistä varten). Egyptiläistä sakaalia (Canis lupaster) esiintyy edelleen, ja hyraxia tavataan Siinain vuoristossa. Nisäkkäitä, jotka syövät lihaa, on kaksi: Caffre-kissa, pieni petokissa, ja ichneumon eli egyptiläinen mangusti. Liskoja esiintyy useita lajeja, muun muassa suuri monitori. Myrkyllisten käärmeiden joukossa on useampi kuin yksi käärmelaji; täplikäs käärme esiintyy koko Niilin laaksossa ja egyptiläinen kobra (Naje haje) maatalousalueilla. Skorpionit ovat yleisiä aavikkoalueilla. Jyrsijöitä on lukuisia lajeja. Hyönteisiä, kuten heinäsirkkoja, on monenlaisia.

Egypti on runsas linnusto. Monet linnut kulkevat kevät- ja syysmuuttomatkoillaan suurina määrinä; kaikkiaan on nähtävissä yli 200 muuttolintulajia ja yli 150 paikallista lintulajia. Huppuvaris on tuttu paikallinen lintu, ja mustapääkertut ovat tyypillisiä Niilin laaksossa ja Al-Fayyūmissa. Petolintujen joukossa ovat muun muassa ruskosuohaukka ja tuulihaukka. Itäisellä autiomaalla ja Siinain niemimaalla asuu merikotkia ja kultakotkia. Pyhää iibistä (muinaiseen Egyptiin liitetty pitkänokkainen kahlaajalintu) ei enää esiinny, mutta valkohaikaraa ja karjahaikaraa esiintyy Niilin laaksossa ja Al-Fayyūmissa, kuten myös sarvikuonoa (lintu, jolla on pystyssä oleva viuhkamainen harja). Aavikolla asuvat aavikkolinnut muodostavat oman ryhmänsä, joita on noin 24 lajia.

Niilissä on noin 190 kalalajiketta, joista yleisimpiä ovat bulṭī (Tilapia nilotica; karkeakuorinen, piikkisääskinen kala) ja Niilin ahven. Deltan rannikolla sijaitsevissa järvissä on pääasiassa būrīa (harmaakampelaa). Al-Fayyūmin kuvernementissa sijaitsevaan Qārūn-järveen (muḥāfaẓah) on istutettu būrīa ja Nasser-järveen bulṭīa, joka kasvaa sen vesissä hyvin suureksi.