Monien alaluokkien ja järjestysten kallot eroavat toisistaan jäljempänä mainituin tavoin. Kallon sivuilla olevien aukkojen sekä yleisen muodon ja koon erojen lisäksi matelijoiden kallojen merkittävimmät vaihtelut ovat kallon sisäisiin liikkeisiin vaikuttavia eroja.

Kokonaisuutena matelijoiden kallot poikkeavat varhaisten sammakkoeläinten kalloista. Matelijoilta puuttuu korvaluu (kallon takaosassa oleva syvennys) ja useita pieniä luita kallon katon takaosassa. Nykyaikaisten matelijoiden kallot eroavat nisäkkäiden kalloista myös monin tavoin, mutta selkeimmät erot ilmenevät alaleuassa ja sen lähialueilla. Matelijoilla on alaleuassa useita luita, joista vain yhdessä, hammasluussa, on hampaita. Hammasluun takana on pieni luu, nivelluu, joka muodostaa nivelen neliluun kanssa lähellä kallon takaosaa. Nisäkkäiden alaleuka sen sijaan koostuu yhdestä ainoasta luusta, hammasluusta, ja nivel- ja nelikulmainen luu ovat osa välikorvan pienten luiden ketjua. Lähes täydellinen siirtymä näiden kahden hyvin erilaisen järjestelyn välillä tunnetaan varhaisten synapsidien (järjestys Therapsida) fossiileista.

Useimpien matelijoiden hampaistossa näkyy vain vähän erikoistumista tiettyyn hammasriviin. Nisäkkäillä esiintyy hampaistoa, joka jakaa hammasryhmät toisistaan erottuviin teräväkärkisiin etuhampaisiin, keihäsmäisiin kulmahampaisiin ja litteäkruunuisiin poskihampaisiin, mutta matelijoilla sitä ei esiinny. Sen sijaan koko hammasrivi koostuu yleensä pitkistä kartiohampaista. Myrkkykäärmeillä on yksi tai useampi ontto tai uritettu torahammas, mutta niiden muoto on sama kuin useimmilla käärmeiden hampailla. Tärkeimmät erot lajien välillä ovat hampaiden lukumäärässä, pituudessa ja asennossa. Eläviin lajeihin kuuluvilla krokotiileilla ja sukupuuttoon kuolleisiin lajeihin kuuluvilla dinosauruksilla on vain yksi ylä- ja yksi alahammasrivi. Käärmeillä ja monilla sukupuuttoon kuolleilla matelijaryhmillä on hampaita suulakiluissa (vomer, palatine, pterygoid) ja yläleuan luissa (premaxilla, maxilla). Alaleuassa on kuitenkin vain yksi hammasrivi.

Liskoilla on kartiomaiset tai sinertävät kaksi- tai kolmiliuskaiset hampaat. Joillakin lajeilla on kartiohampaat leukojen etupuolella ja kärkihampaat takapuolella, mutta jälkimmäiset eivät ole muodoltaan tai toiminnaltaan verrattavissa nisäkkäiden molaareihin. (Ne eivät ole litteäkruunuisia eivätkä niitä käytetä ruoan jauhamiseen.) Kilpikonnilta puuttuvat hampaat varhaisimpia sukupuuttoon kuolleita lajeja lukuun ottamatta. Sen sijaan niillä on ylempi ja alempi sarvilautanen, joiden avulla ne purevat irti ruokapaloja.

Matelijoiden hampaat ovat myös toiminnaltaan vähemmän erikoistuneita kuin nisäkkäiden hampaat. Suuremmat lihansyöjämatelijat ovat varustautuneet vain repimään tai puremaan irti suuria paloja saaliistaan ja nielemään ne pureskelematta. Hyönteissyöjäliskot, jotka muodostavat suurimman osan kaikista liskoista, murskaavat yleensä hyönteisaaliinsa kuorirungon, minkä jälkeen ne nielevät saaliin jauhamatta sitä. Käärmeet yksinkertaisesti nielevät saaliinsa kokonaisena ilman mitään mekaanista pilkkomista, vaikka pistohaavat mahdollistavat ruoansulatusentsyymien pääsyn saaliiseen ruoansulatuksen helpottamiseksi.

Monille matelijoille on kehittynyt kallon sisälle nivelet (alaleuan nivelen lisäksi), jotka mahdollistavat yhden osan vähäisen liikuttelun suhteessa muihin. Kyky tällaiseen kallon sisäiseen liikkeeseen, jota kutsutaan kinesiaksi, antaa eläimelle mahdollisuuden suurentaa suun aukkoa ja on siten sopeutuminen suurten esineiden nielemiseen. Ilmeisesti joillakin suurilla lihansyöjädinosauruksilla (kuten Allosauruksella) oli kallon katossa nivel otsa- ja päälaenluiden välillä. Kaikilla yläluokkaan Lepidosauria kuuluvilla matelijoilla (liskoilla, käärmeillä ja tuataroilla) on kineettiset kallot, mutta ne eroavat dinosauruksista siinä, että kallonpohjassa oleva nivel sijaitsee lepidosauruksilla basisphenoid- ja pterygoideus-luiden yhtymäkohdassa.

Lepidosaurusten kallot muuttuivat yhä kineettisemmiksi uusien ryhmien kehittymisen myötä. Sphenodonteilla (joihin kuuluvat elävät tuatarat ) ja niiden edeltäjillä, Rhynchocephalioilla, oli vain basisphenoidal-pterygoidal-nivel. Liskot menettivät alemman ohimopalkin, mikä vapautti kvadraattiluun ja mahdollisti suuremman liikkeen alaleuassa, joka on niveltynyt kvadraattiluun. Käärmeissä tämä suuntaus huipentuu lopulta selkärankaisten liikkuvimpaan kalloon. Käärmeiden kalloissa on esi-isien perusta-fenoideaali-pterygoideaalinivel, erittäin liikkuva quadrate (joka antaa vielä suuremman liikkuvuuden alaleualle) ja yläleuat, jotka pystyvät pyörimään pitkittäisakselinsa ympäri ja liikkumaan sekä eteen- että taaksepäin. Monilla käärmelajeilla on myös kallon katolla nenä- ja otsaluun välissä sarana, jonka avulla kuonoa voidaan hieman nostaa. Lyhyesti sanottuna käärmeen kallon ainoa osa, joka ei kykene liikkumaan, on aivokotelo.