Diagnosoitu klamydia voidaan helposti hoitaa ja parantaa edellä kuvatulla tavalla. Klamydia on vakava terveysuhka erityisesti naisille. Hoitamattomana klamydia voi aiheuttaa vakavia, kalliita lisääntymis- ja muita terveysongelmia, joihin kuuluu sekä lyhyen että pitkän aikavälin seurauksia, mukaan lukien lantion tulehdussairaus (PID), joka on kriittinen linkki hedelmättömyyteen, ja mahdollisesti kuolemaan johtava munanjohtoraskaus. PID voi aiheuttaa arpia ja tukkia munanjohtimet. Se voi tehdä naisesta steriilin eikä hän voi tulla raskaaksi. Hedelmöittyneet munasolut eivät välttämättä pääse kohtuun, koska munanjohtimet ovat tukossa. Jos ne kehittyvät munanjohtimiin, tätä kutsutaan kohdunulkoiseksi raskaudeksi tai munanjohtoraskaudeksi. Nainen voi kuolla, jos raskaus kehittyy kohdun ulkopuolelle. Hän tarvitsee yleensä hätäleikkauksen. Naisilla, joilla on munanjohtimien PID, on 7-10 kertaa suurempi todennäköisyys saada kohdunulkoinen raskaus kuin muilla naisilla.

Klamydia voi tehdä myös miehistä steriilejä. Se voi levitä virtsaputkesta kiveksiin. Silloin se voi johtaa epididymiitiksi kutsuttuun tilaan. Epididymiitti voi aiheuttaa steriiliyttä. Oireita ovat kuume sekä turvotus ja vaihtelevan asteinen kipu kivespussissa.

Klamydia voi johtaa myös raskauden haittavaikutuksiin, kuten vastasyntyneen sidekalvotulehdukseen (vastasyntyneen silmätulehdus) ja keuhkokuumeeseen. Lisäksi viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että klamydiatartunnan saaneilla naisilla on 3 – 5-kertainen riski saada HIV, jos he altistuvat sille.