Syntynyt Madridissa 10. lokakuuta 1830, Isabella oli Espanjan Ferdinand VII:n ja Napolin Maria Cristinan tytär. Hänen setänsä Don Carlos kieltäytyi tunnustamasta hänen oikeuttaan valtaistuimelle, ja Ferdinandin kuoltua loppuvuodesta 1833 puhkesi katkera sisällissota Don Carlosia tukevien konservatiivisten ainesten ja nuorta prinsessaa ja hänen äitiään, kuningatar-regenttiä, tukevien liberaalien ryhmien välillä. Karlistit kukistettiin vuonna 1839, mutta seuraavana vuonna Baldomero Espartero, liberaali ja maan vaikutusvaltaisin kenraali, pakotti Maria Cristinan lähtemään Espanjasta. Isabella jäi sinne.
Kolme vuotta myöhemmin konservatiivit syrjäyttivät Esparteron ja hänen liberaalit kannattajansa ja saivat 8. marraskuuta 1843 13-vuotiaan Isabellan julistettua täysi-ikäiseksi ja kruunattua kuningattareksi. Isabellan koulutus oli ollut vähäistä; hän osasi tuskin lukea ja oli kaiken järjen mukaan suhteellisen tietämätön. Hän oli kuitenkin erittäin viehättävä ja täysin hurmaava. Vuosina 1843-1868 Isabella hallitsi mutta ei hallinnut. Suurimman osan tästä ajasta Espanjaa hallitsi siviilikonservatiivien ja armeijan kenraalien koalitio.
10. lokakuuta 1846 Isabella meni naimisiin serkkunsa Francisco de Asisin kanssa. Nyt viehättävä 16-vuotias tyttö oli antelias, ystävällinen, tanssista pitävä ja rakastunut, ja arka ja naisellinen Francisco oli hänelle suuri pettymys. Häitä seuraavana päivänä hän muutti pois kuningattaren asunnosta, ja hänen ensimmäinen rakastajansa, komea kenraali Serrano, muutti sisään. Hänestä tuli ensimmäinen monien muiden joukossa, kunnes koko Eurooppa puhui hänen aktiivisesta seksielämästään (tai siitä, mitä eräs englantilainen tarkkailija kutsui hänen ”kauheaksi perustuslailliseksi sairaudekseen”). Silti hän piti itseään hurskaana katolilaisena ja oli vahvasti niiden taikauskoisten ja usein fanaattisten nunnien ja munkkien vaikutuksen alaisena, jotka ympäröivät häntä hovissa.
Isabellan skandaalinkäryinen yksityiselämä, hänen antiliberalisminsa ja Espanjan vuoden 1866 talouskriisi saivat aikaan kansanvallankumouksen syyskuussa 1868. Isabella pakeni Ranskaan, ja 25. kesäkuuta 1870 hän luopui vallasta poikansa Alfonso XII:n hyväksi. Hänet kruunattiin Espanjan kuninkaaksi alkuvuodesta 1875 sen jälkeen, kun vuonna 1873 perustettu tasavalta oli lakkautettu.
Maanpaossa Isabella säilytti nautintonsa miehistä ja mieltymyksensä tanssimiseen. Espanjan tappio vuonna 1898 näyttää kuitenkin murtaneen hänen mielensä; tuon vuoden jälkeen hänen terveytensä alkoi heiketä, ja 19. huhtikuuta 1904 hän kuoli Pariisin kodissaan.