Euroopan unioni (EU) on tärkeä toimija maailmanlaajuisessa terveydenhuollossa ja kansainvälisissä asioissa, ja se tukee vahvasti WHO:n roolia WHO:n johtavana terveysjärjestönä sekä maailmanlaajuisesti että alueella.

EU on WHO:n luonnollinen kumppani. Maantieteellisesti katsottuna yli puolet WHO:n Euroopan alueen jäsenvaltioista kuuluu siihen tai pyrkii liittymään siihen.

WHO/Euroopan tärkein kumppani EU:ssa on Euroopan komissio sen hallinnollisten, toimeenpanevien, lainsäädännöllisten ja oikeudellisten tehtävien vuoksi. Se tekee myös hyvin tiivistä yhteistyötä Eurooppa-neuvoston kanssa puheenjohtajavaltioiden kautta, Euroopan parlamentin, Euroopan alueiden komitean ja asiaankuuluvien EU:n virastojen, kuten esim:

• Euroopan tautien ehkäisy- ja valvontakeskus (ECDC)
• Euroopan lääkevirasto (EMA)
• Euroopan elintarviketurvallisuusviranomainen (EFSA)
• Euroopan ympäristökeskus (EEA)
• Euroopan huumausaineiden ja niiden väärinkäytön seurantakeskus (EMCDDA)
• Euroopan työterveys- ja työturvallisuusvirasto (EU-OSHA)
• Eurostat
• Euroopan investointipankki (EIP).