Etelä-Carolinan sotilasakatemia (South Carolina Military Academy) oli The Citadelin edeltäjä, kahden kampuksen oppilaitos. Etelä-Carolinan lainsäätäjä perusti sen vuonna 1842.

Etelä-Carolina oli vuoden 1822 Denmark Veseyn suunnitteleman orjakapinan jälkeen rakentanut ympäri osavaltiota joukon arsenaaleja, jotka yhdistettiin Columbian ja Charlestonin arsenaaleiksi. Niitä ei enää pidetty sotilaallisesti tarpeellisina, joten niistä muodostettiin vuonna 1842 Etelä-Carolinan sotilasakatemia, joka koostui Columbian Arsenal-akatemiasta ja Charlestonin Citadel-akatemiasta. Sisällissodan aikana molempien akatemioiden opiskelijat palvelivat osavaltion kadettipataljoonana; opetus jatkui keskeytyksin. SCMA:n kadetit ampuivat sisällissodan ensimmäiset laukaukset 9. tammikuuta 1861, kun he miehittivät Morris Islandilla, Etelä-Carolinassa sijaitsevaa tykkiasemaa, joka pommitti unionin höyrylaiva Star of the Westiä; osavaltion kadettipataljoona muodosti yli kolmanneksen konfederaation joukoista, jotka puolustivat strategisesti tärkeää rautatiesiltaa Tulifinnyn taistelussa vuonna 1864, joka oli ainoa tapaus, jossa amerikkalaisen korkeakoulun koko oppilaskunta osallistui taisteluun.

Unionin joukot polttivat Arsenal Academyn vuonna 1865, eikä sitä koskaan avattu uudelleen; ainoasta säilyneestä rakennuksesta tuli Etelä-Carolinan kuvernöörin kartano. Citadel-akatemia ja Etelä-Carolinan sotilasakatemia suljettiin vuonna 1865; sen rakennukset olivat liittovaltion hallussa vuoteen 1882 asti. Vuonna 1882 Etelä-Carolinan lainsäätäjä avasi Etelä-Carolinan sotilasakatemian uudelleen käyttäen vain Charlestonissa sijaitsevaa kampusta. Koulu tunnettiin yleisesti nimellä The Citadel Academy, ja se nimettiin vuonna 1910 uudelleen The Citadeliksi sen jälkeen, kun nimi ”Academy” yleistyi lukioille korkeakoulujen sijaan.