Vuonna 2001 Stonerista tuli yhdessä Michael Alan Johnsonin kanssa Disney-kanavan Mike’s Super Short Show’n juontaja, joka on Disney-kanavan tuleviin julkaisuihin liittyvä infomercial-segmentti. Vuosina 2003 ja 2005 hän esiintyi Sarahina, yhtenä kahdestatoista Bakerin lapsesta, menestyneissä komedioissa Cheaper by the Dozen ja Cheaper by the Dozen 2. Hän on esiintynyt myös useissa esiteini-ikäiselle yleisölle suunnatuissa televisiosarjoissa, kuten The Suite Life of Zack & Cody, That’s So Raven ja Drake & Josh.
Vuonna 2006 hänellä oli pieni elokuvarooli Step Up -elokuvassa Camillena, joka on Channing Tatumin hahmon nuorempi sijaissisko. Hän antoi Isabella Garcia-Shapiron ja Jennyn äänen (4. kauteen asti) Disney Channelin animaatiosarjassa Phineas ja Ferb vuosina 2007-2015, ja keksi itse Isabellan iskulauseen ”Whatcha doin’?”. Vuonna 2008 hän näytteli Disney Channelin alkuperäiselokuvassa Camp Rock Caitlyn Gellaria, joka on aloitteleva musiikkituottaja. Hänen vastaanottonsa Camp Rock -elokuvassa oli erityisen vahva, ja useat tiedotusvälineet totesivat, että oli jo aikakin, että hänellä oli päähenkilörooli, kun hän oli toiminut muiden suurten nimien, kuten Will Smithin ja Eminemin, tukena. Stoner näytteli Alice McKinleyta elokuvassa Alice ylösalaisin, joka perustuu löyhästi Phyllis Reynolds Naylorin Alice-sarjaan, erityisesti The Agony of Alice. Tämä oli hänen toinen pääroolinsa, ja direct-to-DVD-julkaisussa olevan haastattelun mukaan hän toteaa, että tämä oli ensimmäinen kerta, kun hänen on täytynyt esiintyä elokuvan jokaisessa kohtauksessa.
Vuonna 2008 hän lauloi kaksi kappaletta, ”Lost and Found” ja ”Free Spirit”, Alice Upside Down -elokuvan soundtrackilta, jossa hän näyttelee pääroolia. Hän on myös levyttänyt cover-version kappaleesta Dancing in the Moonlight Disneyn vuoden 2009 DVD/Blu-ray-elokuvaan Space Buddies. Vuonna 2010 Stoner esiintyi kolmannessa Step Up -elokuvassa Step Up 3D Adam Sevania vastapäätä, jossa hän näytteli roolinsa uudelleen. Stoner latasi viralliselle YouTube-sivulleen videon viimeisistä tanssiharjoituksistaan, jossa hän esitteli muita näyttelijöitä. Samana vuonna Stoner palasi näyttelemään Caitlyn Gellaria Camp Rock 2: The Final Jam -elokuvan jatko-osassa. Stoner vieraili myös televisiodraamasarjassa House luistelijana.
Vuonna 2011 Stoner alkoi työskennellä levytuottajien, lauluntekijöiden ja lauluvalmentajan kanssa muuttaakseen laulutyylinsä ”kiddie-popista” sielukkaampaan pop-tunnelmaan, jossa on hieman vaihtoehtoista särmää ensimmäistä studioalbumiaan varten. 4. huhtikuuta 2010 Stoner julkaisi YouTube-kanavallaan videon, jossa hän ilmoitti julkaisevansa debyyttisinglensä ”Flying Forward” 20. huhtikuuta 2010. Stoner julkaisi debyytti-EP:nsä nimeltä Beat the System vuonna 2011. Hän esiintyi myös Nintendon kanavalla Wii Fit -videopelikonsoliin liittyvissä Wii Fit -videoissa esittelemässä tasapainoharjoitteita. Stoner korvasi Hayden Panettieren Kairin äänenä Kingdom Hearts Re:Chain of Memories -pelissä, Xionin äänenä Kingdom Hearts 358/2 Days -pelissä ja molempien hahmojen äänenä Kingdom Hearts III -pelissä. Hän äänesti hahmo Opalia The Legend of Korran kolmos- ja neloskaudella.
TanssiEdit
Koreografiakoulutuksen jälkeen Los Angelesissa Stoner esiintyi taustatanssijana useissa musiikkivideoissa, muun muassa Missy Elliottin kappaleissa ”Work It”, ”Gossip Folks”, ”I’m Really Hot”, Eminemin kappaleessa ”Just Lose It” ja Kumbia Kingsin ”No Tengo Dinero”. Hän on myös ollut OutKastin taustatanssijana vuoden 2004 Kids’ Choice Awards -gaalassa ja Will Smithin taustatanssijana vuoden 2005 show’ssa. Stoner tanssi The JammX Kids -nimisessä tanssiryhmässä vuosina 2003-2006. Hän lopetti ryhmän vuoden 2006 alussa aikatauluristiriitojen vuoksi, mutta työskentelee edelleen yksittäisten lasten kanssa eri keikoilla. Hän oli myös yksi Shark Tale -DVD:n erikoisfilmien tanssijoista.
Stoner opettaa hip hop -tunteja Millennium Dance Complexissa, ja häntä pidetään nuorimpana siellä mestarikurssia opettaneena henkilönä. Hän esiintyi myös Debby Ryanin kappaleessa ”We Got the Beat” Disney Channelin Radio Rebel -ohjelmassa. Helmikuussa 2015 hän julkaisi tanssillisen kunnianosoitusvideon Missy Elliotille, joka sisälsi mash up -medleyn Missy Elliottin videoista, joissa hän oli tanssinut nuorempana. Ensimmäisen viikon aikana se sai yli 12 miljoonaa katselukertaa. Missy Elliott kutsui Alysonin esittämään ”Work It” -kappaleen hänen kanssaan vuoden 2019 MTV Video Music Awardsissa.
PublishingEdit
Stoner oli KEWL Magazinen ”tanssitoimittaja”. Helmikuussa 2009 Stoner julkaisi Alyson Stoner Projectin, jota kuvailtiin ”tanssivideohybridiksi – monien viihdetyylien sulauttaminen yhteen pakettiin”. Sen ohjasi Kevin Schmidt, hänen Cheaper by the Dozen -elokuvasta tuttu näyttelijäkollegansa.
Kaikki Stoneron videon ohjasi Kevin Schmidt.