Odin Lloydin murha
Kesäkuun 17. päivänä 2013 puoliammattilaisjalkapalloilija Odin Lloydin ruumis löytyi teollisuusalueelta kilometrin päässä Hernandezin kartanosta North Attleborough’sta, Massachusettsista. Poliisi jäljitti todisteet nopeasti Hernandezin jäljille, vaikka NFL-tähti vaikeutti asiaa tuhoamalla kännykkänsä ja valvontakameran tallenteet kodistaan. Lloyd seurusteli Shaneah Jenkinsin kanssa, joka oli Hernandezin kihlatun Shayanna Jenkinsin sisko.
Kesäkuun 26. päivänä Hernandez vietiin kotoaan käsiraudoissa ja häntä syytettiin ensimmäisen asteen murhasta ja viidestä ampuma-aserikkomuksesta. Patriots ilmoitti hänen vapauttamisestaan alle kaksi tuntia pidätyksen jälkeen, ja Hernandezin sponsorit luopuivat pian yrityksistä.
Syyteharkinta antoi yksityiskohtia motiivista ja todisteista: Ilmeisesti järkyttyneenä siitä, että Lloyd oli puhunut vihollistensa kanssa edellisenä iltana bostonilaisessa yökerhossa, Hernandez ja kaksi ystäväänsä ajoivat Lloydia ympäriinsä vuokratulla Nissan Altimalla ennen kuin ampuivat häntä useita kertoja noin kello 3.30 aamulla 17. kesäkuuta. Teollisuusalueen valvontakameravalvonta paljasti, että Altima oli paikalla ampumishetkellä, ja Hernandezin kotoa otetussa kuvamateriaalissa näkyy, että hän saapui paikalle aseen kanssa pian sen jälkeen. Lisäksi samat .45-kaliiperiset hylsyt, jotka löydettiin murhapaikalta, löytyivät myös vuokra-autosta ja Hernandezin omistamasta asunnosta.
Tällä välin esiin nousi muitakin syytöksiä Hernandezia vastaan. Floridalainen mies syytti häntä aseen laukaisemisesta, jonka seurauksena hän menetti silmänsä, ja häntä tutkittiin edellisenä kesänä tapahtuneesta ohiajo-ampumisesta. Aikoinaan merkittävää NFL-uraa tavoitteleva lahjakas mutta ongelmallinen urheilija joutui sen sijaan kohtaamaan elämänsä kaltereiden takana.
Murhasyytteet
Toukokuussa 2014 Hernandez joutui kohtaamaan uusia syytöksiä, jotka liittyivät vuonna 2012 Bostonissa tapahtuneeseen ohiajoon. Kaksi miestä, Daniel Abreu ja Safiro Furtado, saivat surmansa välikohtauksessa, joka tapahtui viikkoa ennen kuin Hernandez aloitti harjoittelun New England Patriotsin kanssa. Uutistietojen mukaan Abreu ja Furtado olivat olleet murhayönä samassa bostonilaisessa yökerhossa kuin Hernandez. Hernandezin epäillään hyökänneen heidän kimppuunsa heidän lähdettyään klubilta ja ampuneen heidät autoonsa liikennevaloissa. Myös yksi Abreun ja Furtadon matkustajista sai osuman hyökkäyksessä.
Bostonin suuri valamiehistö syytti Hernandezia kahdesta ensimmäisen asteen murhasta Abreun ja Furtadon murhista. Häntä syytettiin tapaukseen liittyen myös pahoinpitelystä ja aseista. Tuolloin hänen asianajajansa antoivat Abreun ja Furtadon tapauksesta lausunnon, jossa he väittivät, että entinen urheilija oli ”syytön näihin syytteisiin” ja odotti ”innolla päiväänsä oikeudessa”.
Tuomio ja itsemurha
Hernandez joutui oikeuteen Odin Lloydin murhasta tammikuussa 2015. Oikeudenkäynti kesti yli kaksi kuukautta. Hernandez todettiin 15. huhtikuuta syylliseksi ensimmäisen asteen murhaan. Valamiehistö oli neuvotellut kuusi päivää ennen päätöksensä tekemistä. Massachusettsin lain mukaan Hernandez sai rikoksestaan automaattisesti elinkautisen ilman mahdollisuutta ehdonalaiseen vapauteen.
Huhtikuun 14. päivänä 2017 Hernandez vapautettiin kahdesta murhasyytteestä, jotka liittyivät Abreun ja Furtadon ampumiseen autosta bostonilaisen yökerhon ulkopuolella heinäkuussa 2012. Päiviä myöhemmin Hernandez näytti tehneen itsemurhan 19. huhtikuuta 2017. Hänet löydettiin roikkumassa lakanasta vankilasellissään, eikä häntä voitu elvyttää. Hernandezin kuoleman jälkeen tuomari kumosi hänen murhatuomionsa noudattaen Massachusettsin oikeuskäytäntöä, jonka mukaan tuomiot on kumottava, jos vastaaja kuolee ennen valituksen käsittelyä.
Hernandez jätti jälkeensä nuoren tyttären, Aviellen, joka syntyi Shayanna Jenkins-Hernandezille vuonna 2012.
CTE-diagnoosi, kirja ja dokumentti
Syyskuussa 2017 paljastui, että Hernandez oli kuollessaan kärsinyt pitkälle edenneestä kroonisesta traumaattisesta enkefalopatiasta (Chronic Traumatic Encephalopathy, CTE), joka on rappeuttava aivosairaus. CTE:tä esiintyy yleisesti jalkapalloilijoilla ja muilla urheilijoilla, jotka harrastavat voimakkaita urheilulajeja, ja sille on usein tunnusomaista aggression hallinnan ongelmat, mielialan vaihtelut, harkintakyvyn heikkeneminen ja eriasteinen dementia. Lääkärit kertoivat, että Hernandezilla todettiin vakavin taudin muoto, jonka he olivat koskaan nähneet 27-vuotiaalla.
Hernandezin tarina herätti bestseller-kirjailija James Pattersonin mielikuvituksen. Tavallisesti mysteeriromaaneistaan tunnettu Patterson julkaisi tammikuussa 2018 teoksen All-American Murder: The Rise and Fall of Aaron Hernandez, the Superstar Whose Life Ended on Murderers’ Row.
Tammikuussa 2020 ilmestyy dokumentti Killer Inside: The Mind of Aaron Hernandez jäljittää Aaron Hernandezin huolestuttavaa tietä jalkapallon ihmelapsesta tuomituksi murhaajaksi.