El estiércol se ha utilizado durante siglos como fertilizante para la agricultura, ya que es rico en nitrógeno y otros nutrientes que facilitan el crecimiento de las plantas. El estiércol líquido de las explotaciones porcinas y ganaderas suele inyectarse directamente en el suelo para reducir los olores desagradables. El estiércol de los cerdos y del ganado vacuno se esparce por los campos con un esparcidor de estiércol. Debido al nivel relativamente bajo de proteínas en los pastos, que comen los herbívoros, el estiércol del ganado tiene un olor más suave que el de los carnívoros; por ejemplo, el estiércol de elefante es prácticamente inodoro. Sin embargo, debido a la cantidad de estiércol que se aplica a los campos, el olor puede ser un problema en algunas regiones agrícolas. Los excrementos de las aves de corral son perjudiciales para las plantas cuando están frescos, pero tras un periodo de compostaje son valiosos fertilizantes.
El estiércol seco de los animales se ha utilizado como combustible a lo largo de la historia. El estiércol seco (normalmente conocido como boñiga) de las vacas era, y sigue siendo, una importante fuente de combustible en países como la India, mientras que el estiércol de camello puede utilizarse en regiones sin árboles como los desiertos. En el Camino de Oregón, las familias pioneras recogían grandes cantidades de «astillas de búfalo» en lugar de la escasa leña. Se ha utilizado para muchos fines, en fuegos de cocina y para combatir las frías noches del desierto.
Otro uso del estiércol es la fabricación de papel. Esto se ha hecho con el estiércol de los elefantes, donde es una pequeña industria en África y Asia, y también de los caballos, las llamas y los canguros. Aparte de la llama, estos animales no son rumiantes y por lo tanto tienden a pasar fibras vegetales sin digerir en su estiércol.