Loggains se desempeñó como coordinador ofensivo de los Tennessee Titans entre 2012 y 2013 como parte del cuerpo técnico de Mike Munchak. Días después de que Ken Whisenhunt asumiera como entrenador en jefe de los Titans en 2014, Loggains fue informado de que no seguiría en la organización. Anteriormente había sido el entrenador de quarterbacks del equipo.
Loggains pasó el 2014 como entrenador de quarterbacks de los Cleveland Browns. Fue partidario de reclutar al mariscal de campo de Texas A&M, Johnny Manziel.
Al año siguiente, Loggains buscaba un trabajo. Fue entrevistado para un trabajo de coordinador ofensivo por los New York Giants, pero en su lugar fue contratado por los Bears el 23 de enero de 2015 como entrenador de quarterbacks. Bajo el timón de Loggains, el mariscal de campo Jay Cutler tuvo una de sus mejores temporadas, ya que terminó el 2015 con 3,629 yardas de pase, 21 touchdowns, 11 intercepciones y los máximos de su carrera en calificación de pasador (92.3) y porcentaje de finalización (64.4). Las 11 intercepciones fueron las más bajas de su carrera y resultaron en un porcentaje de intercepción de 2,3, el más bajo en una temporada en la que ha sido titular en al menos 12 partidos, mientras que los 21 touchdowns fueron su segunda mayor cantidad desde 2011 y las 3.629 yardas fueron la tercera mayor cantidad de su carrera. En tercera oportunidad, Cutler tuvo un índice de pasador de 103,2 (cuarto en la NFL) tras completar 91 de 141 pases para 1.242 yardas, siete anotaciones y dos intercepciones. En cambio, contra los Seattle Seahawks el quarterback suplente Jimmy Clausen completó 9 de 17 pases para 63 yardas, e incluyendo los sacks, registró 48 yardas netas de pase, la segunda vez desde la temporada de 1990 que los Bears tuvieron menos de 50 yardas netas de pase. Los Bears terminaron el año con 228,9 yardas de pase por partido, situándose en el puesto 23 de la liga, y el grupo de mariscales de campo tuvo un porcentaje de finalización combinado de 63,9 y un porcentaje de interceptación de 2,3, ambos situados en el tercer puesto de la historia del equipo, junto con 3.843 yardas brutas de pase y un 42.5 en terceras jugadas (cuarto), 3.660 yardas netas de pase (quinto), junto con 5.514 yardas netas totales y un índice de pasador de 89,7 (sexto).
Loggains fue ascendido a coordinador ofensivo el 11 de enero de 2016 cuando Adam Gase dejó el puesto para convertirse en el entrenador jefe de los Miami Dolphins. Los Bears lucharon durante el mandato de Loggains como OC, con una clasificación de noviembre de 2017 de ESPN que lo colocó en el último lugar entre 32 directores de juego, mientras que la ofensiva terminó la temporada 2017 con un promedio de sólo 16,5 puntos por partido (29º en la liga). Después de que el entrenador en jefe John Fox fuera despedido, Loggains se reunió con Gase en Miami, consiguiendo otro puesto de coordinador ofensivo.
El 23 de enero de 2019, Loggains se reunió con Adam Gase una vez más después de ser contratado como coordinador ofensivo/entrenador de quarterbacks de los New York Jets.El 25 de octubre de 2020, de cara al partido de la Semana 7 contra los Buffalo Bills, el entrenador en jefe Adam Gase renunció a las funciones de llamada de jugadas ofensivas y se las dio a Loggains. A pesar de una fuerte actuación en la primera mitad con una ventaja de 10-6, Loggains no logró ganar impulso en la segunda mitad, culminando en una derrota de 18-10 ante Buffalo. El 28 de octubre de 2020, antes del partido contra los Kansas City Chiefs, se informó que Loggains volvería a tener funciones de dirección de jugadas ofensivas.