Wenn sie diagnostiziert werden, können Chlamydien wie oben beschrieben leicht behandelt und geheilt werden. Chlamydien sind eine ernste Gesundheitsbedrohung, insbesondere für Frauen. Unbehandelt können Chlamydien schwerwiegende, kostspielige reproduktive und andere Gesundheitsprobleme verursachen, die sowohl kurz- als auch langfristige Folgen haben, einschließlich der Beckenentzündungskrankheit (PID), die das entscheidende Bindeglied zur Unfruchtbarkeit ist, und der potenziell tödlichen Eileiterschwangerschaft. PID kann zu einer Vernarbung und Verstopfung der Eileiter führen. Das kann dazu führen, dass eine Frau unfruchtbar wird und nicht mehr schwanger werden kann. Befruchtete Eizellen gelangen möglicherweise nicht in die Gebärmutter, weil die Eileiter blockiert sind. Entwickeln sie sich in den Eileitern, spricht man von einer Eileiterschwangerschaft oder Eileiterschwangerschaft. Eine Frau kann sterben, wenn sich eine Schwangerschaft außerhalb ihrer Gebärmutter entwickelt. Sie muss dann in der Regel notoperiert werden. Bei Frauen mit Eileiterentzündung ist die Wahrscheinlichkeit einer Eileiterschwangerschaft 7-10 Mal höher als bei anderen Frauen.

Chlamydien können auch Männer unfruchtbar machen. Sie können sich von der Harnröhre bis zu den Hoden ausbreiten. Dann kann es zu einer Erkrankung kommen, die Epididymitis genannt wird. Epididymitis kann Sterilität verursachen. Zu den Symptomen gehören Fieber sowie Schwellungen und unterschiedlich starke Schmerzen im Hodensack.

Chlamydien können auch zu unerwünschten Schwangerschaftsfolgen führen, einschließlich neonataler Konjunktivitis (Augenentzündung bei Neugeborenen) und Lungenentzündung. Darüber hinaus haben neuere Untersuchungen gezeigt, dass Frauen, die mit Chlamydien infiziert sind, ein 3- bis 5-fach erhöhtes Risiko haben, sich mit HIV zu infizieren, wenn sie dem ausgesetzt sind.