Trauermücken aus der Familie der Sciaridae können Schädlinge sein. Sie sind in der Regel für gesunde Pflanzen – und Menschen – harmlos, können aber Sämlingen großen Schaden zufügen; ihr Auftreten kann auf ernstere Probleme hinweisen. Bei Zimmerpflanzen kann das Vorhandensein von Trauermücken auf Überwässerung hinweisen; sie können sich von Wurzeln ernähren, die zu lange im Wasser gestanden haben und daher faulen, oder die Trauermücken werden von Pilzen angezogen, die in gesättigtem Mutterboden wachsen. Wenn man den Boden abtrocknen lässt, kann sich ihre Zahl verringern. Die Schädlinge werden manchmal auch bekämpft, indem man eine Schicht Sand oder Mulch auf den Boden um die Pflanzen legt, Hypoaspis-Milben einsetzt oder das biologische Larvizid Bacillus thuringiensis (var. israelensis) zur Abtötung der Mückenlarven anwendet oder den Boden jährlich mit einer insektiziden Seife tränkt. Wasserstoffperoxid kann mit Wasser gemischt und zur Abtötung von Trauermückenlarven in infiziertem Boden verwendet werden, indem ein Teil 3% Wasserstoffperoxid mit vier Teilen Wasser gemischt und dann auf den Boden aufgetragen wird. Erwachsene Trauermücken können mit Klebefallen aus gelbem Karton oder schwerem Papier, das mit Klebstoff beschichtet ist, gefangen werden, da sie von der Farbe Gelb angezogen werden.

Da Trauermücken schwache Flieger sind, können Fallen auf Fächerbasis und andere Geräte zum Abtöten von Fliegen eingesetzt werden, um frei fliegende Trauermücken zu bekämpfen, insbesondere in Innenräumen. Es gibt eine Reihe giftiger und ungiftiger Methoden zur Bekämpfung von Trauermücken und ihren Larven, darunter Nematoden, Kieselgur oder Zimtpulver.

In kommerziellen Gewächshäusern wird in der Regel der Insektenwachstumsregulator Diflubenzuron zur Bekämpfung von Trauermücken und ihren Larven eingesetzt. Es wird auf infizierte Böden ausgebracht und tötet Trauermückenlarven nach einmaliger Anwendung 30-60 Tage lang ab. Sein Wirkmechanismus besteht darin, die Chitinproduktion und -ablagerung zu stören, und es löst außerdem eine frühzeitige Häutung der Insektenlarven aus, ohne dass diese ein richtig ausgebildetes Exoskelett haben, was zum Tod der Larven führt. Obwohl es auf Trauermückenlarven abzielt, sollte es mit Vorsicht angewendet werden, da es für wirbellose Wassertiere hochgiftig ist. Diflubenzuron hat in der Regel keine toxische Wirkung auf erwachsene Tiere; nur die Larven sind betroffen.