Die South Carolina Military Academy war eine Vorgängerinstitution von The Citadel, die auf zwei Campussen untergebracht war. Sie wurde 1842 von der Legislative von South Carolina gegründet.

South Carolina hatte nach dem von Denmark Vesey geplanten Sklavenaufstand von 1822 eine Reihe von Arsenalen im ganzen Staat errichtet, die zu den Arsenalen von Columbia und Charleston zusammengefasst wurden. Da sie nicht mehr als militärisch notwendig angesehen wurden, wurden sie 1842 zur South Carolina Military Academy, bestehend aus der Arsenal Academy in Columbia und der Citadel Academy in Charleston. Während des Bürgerkriegs dienten Studenten beider Akademien als Bataillon der Staatskadetten; der Unterricht wurde mit Unterbrechungen fortgesetzt. Die Kadetten der SCMA gaben am 9. Januar 1861 die ersten Schüsse des Bürgerkriegs ab, als sie eine Geschützstellung auf Morris Island, South Carolina, bemannten, die den Unionsdampfer Star of the West beschoss; das Bataillon der Staatskadetten bildete mehr als ein Drittel der konföderierten Truppen, die 1864 in der Schlacht von Tulifinny eine strategische Eisenbahnbrücke verteidigten, die einzige Gelegenheit, bei der die gesamte Studentenschaft eines amerikanischen Colleges im Kampfeinsatz war.

Die Arsenal Academy wurde 1865 von Unionstruppen niedergebrannt und nie wieder eröffnet; das einzige erhaltene Gebäude wurde zum South Carolina Governor’s Mansion. Die Citadel Academy und die South Carolina Military Academy wurden 1865 geschlossen; ihre Gebäude waren bis 1882 in Bundesbesitz. Durch ein Gesetz der Legislative von South Carolina von 1882 wurde die Militärakademie von South Carolina wiedereröffnet, wobei nur der Campus in Charleston genutzt wurde. Die Schule, die allgemein als „The Citadel Academy“ bekannt war, wurde 1910 in „The Citadel“ umbenannt, nachdem der Name „Academy“ für High Schools und nicht für Colleges üblich geworden war.