Die Schädel der verschiedenen Unterklassen und Ordnungen unterscheiden sich in den unten genannten Punkten. Neben den Unterschieden in den seitlichen Öffnungen des Schädels und in der allgemeinen Form und Größe sind die bedeutendsten Variationen bei den Reptilienschädeln diejenigen, die die Bewegungen innerhalb des Schädels betreffen.
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Als Gruppe unterscheiden sich die Schädel der Reptilien von denen der frühen Amphibien. Reptilien fehlt eine Oticuskerbe (eine Einbuchtung am hinteren Teil des Schädels) und mehrere kleine Knochen am hinteren Teil des Schädeldaches. Die Schädel moderner Reptilien unterscheiden sich in vielerlei Hinsicht deutlich von denen der Säugetiere, wobei die deutlichsten Unterschiede im Unterkiefer und den angrenzenden Regionen zu finden sind. Reptilien haben im Unterkiefer eine Reihe von Knochen, von denen nur einer, das Dentarium, Zähne trägt. Hinter dem Zahnbein bildet ein kleiner Knochen, das Gelenk, eine Verbindung mit dem Vierbeiner nahe der Rückseite des Schädels. Im Gegensatz dazu besteht der Unterkiefer eines Säugetiers aus einem einzigen Knochen, dem Dentarium; das Articulare und das Quadrate sind Teil der Kette der kleinen Knochen im Mittelohr geworden. Ein fast vollständiger Übergang zwischen diesen beiden sehr unterschiedlichen Anordnungen ist von Fossilien früher Synapsiden (Ordnung Therapsida) bekannt.
Das Gebiss der meisten Reptilien zeigt wenig Spezialisierung in einer bestimmten Zahnreihe. Ein Gebiss, das Zahngruppen in markante blasenartige Schneidezähne, hauerartige Eckzähne und flachkronige Backenzähne unterteilt, kommt bei Säugetieren vor, aber nicht bei Reptilien. Stattdessen besteht die gesamte Zahnreihe normalerweise aus langen, konischen Zähnen. Giftschlangen haben einen oder mehrere hohle oder gerillte Reißzähne, die jedoch die gleiche Form haben wie die meisten Schlangenzähne. Die Hauptunterschiede zwischen den Arten liegen in der Anzahl, der Länge und der Stellung der Zähne. Krokodile unter den lebenden Formen und Dinosaurier unter den ausgestorbenen Formen haben nur eine einzige obere und eine einzige untere Zahnreihe. Schlangen und viele ausgestorbene Reptiliengruppen haben Zähne an den Gaumenknochen (Vomer, Palatina, Pterygoid) und an den Knochen des Oberkiefers (Prämaxilla, Maxilla). Am Unterkiefer ist jedoch nur eine Zahnreihe vorhanden.
Eidechsen haben konische oder blasenförmige bikuspide oder trikuspide Zähne. Einige Arten haben kegelförmige Zähne an der Vorderseite des Kiefers und Eckzähne an der Rückseite, aber letztere sind weder in Form noch Funktion mit den Backenzähnen von Säugetieren vergleichbar. (Sie sind weder flachkronig noch werden sie zum Zerkleinern von Nahrung verwendet.) Schildkröten, mit Ausnahme der frühesten ausgestorbenen Arten, haben keine Zähne. Stattdessen haben sie obere und untere Hornplatten, die dazu dienen, Nahrungsbrocken abzubeißen.
Die Zähne von Reptilien sind auch in ihrer Funktion weniger spezialisiert als die von Säugetieren. Die größeren fleischfressenden Reptilien sind nur in der Lage, große Stücke ihrer Beute abzureißen oder abzubeißen und sie ohne zu kauen zu verschlucken. Insektenfressende Eidechsen, die die Mehrheit aller Eidechsen ausmachen, knacken in der Regel das Exoskelett ihrer Insektenbeute und schlucken die Beute dann, ohne sie zu zerkleinern. Schlangen schlucken ihre Beute einfach im Ganzen, ohne sie mechanisch zu zerkleinern, obwohl durch die Einstichwunden Verdauungsenzyme in die Beute eindringen können, um die Verdauung zu unterstützen.
Viele Reptilien haben Gelenke (zusätzlich zum Scharnier für den Unterkiefer) innerhalb des Schädels entwickelt, die eine leichte Bewegung eines Teils relativ zu den anderen ermöglichen. Die Fähigkeit zu einer solchen Bewegung innerhalb des Schädels, die als Kinesis bezeichnet wird, ermöglicht es einem Tier, die Öffnung des Mundes zu vergrößern, und ist somit eine Anpassung zum Verschlucken großer Objekte. Einige der großen fleischfressenden Theropoden (z. B. Allosaurus) besaßen offenbar ein Gelenk zwischen den Stirn- und Scheitelknochen im Schädeldach. Alle Reptilien der Überordnung Lepidosauria (Eidechsen, Schlangen und Brückenechsen) haben kinetische Schädel, aber sie unterscheiden sich von den Dinosauriern dadurch, dass das Gelenk auf dem Schädelboden bei den Lepidosauriern an der Verbindung von Basisphenoid- und Pterygoidknochen auftritt.
Die Schädel der Lepidosaurier wurden mit der Entwicklung neuer Gruppen zunehmend kinetisch. Die Sphenodontia (zu denen auch die lebenden Tuatara gehören) und ihre Vorläufer, die Rhynchocephalia, besaßen nur das Basis-Phenoidal-Pterygoidal-Gelenk. Die Echsen verloren die untere Schläfenleiste, wodurch das Quadratbein frei wurde und der Unterkiefer, der am Quadratbein angelenkt ist, sich besser bewegen konnte. Bei den Schlangen schließlich gipfelt diese Entwicklung in dem beweglichsten Schädel unter den Wirbeltieren. Die Schlangenschädel verfügen über das ursprüngliche Phenoidal-Pterygoidal-Gelenk, eine sehr bewegliche Quadrate (die dem Unterkiefer eine noch größere Beweglichkeit verleiht) und Oberkiefer, die sich um ihre Längsachse drehen und sowohl vorwärts als auch rückwärts bewegen können. Viele Schlangenarten haben außerdem ein Scharnier auf dem Schädeldach zwischen Nasen- und Stirnbein, mit dem die Schnauze leicht angehoben werden kann. Kurz gesagt, der einzige Teil des Schlangenschädels, der sich nicht bewegen kann, ist die Hirnschale.