Nach der kubanischen Revolution 1959 schränkte Kuba die Religionsausübung ein, was zur Verfolgung vieler Katholiken an Universitäten und Arbeitsplätzen führte. In ihrer Verfassung erkennt die Regierung das Recht der Bürger an, sich zu jeder Art von Religion zu bekennen und diese im Rahmen der Achtung des Gesetzes auszuüben; in der Praxis schränkt die Regierung jedoch die Religionsfreiheit ein.

Studien haben Berichten zufolge versucht, einen Zusammenhang zwischen afrokubanischen Religionen und psychischen Erkrankungen herzustellen.Die Kampagne zur Beseitigung der Rassendiskriminierung in Kuba wurde (und wird) zum Anlass genommen, die Gründung afrokubanischer Einrichtungen zu verbieten, weil dies als rassendiskriminierend bezeichnet wurde.

Die 1970er Jahre waren turbulent, und viele Gläubige beschlossen, ihren Glauben als Reaktion auf die staatliche Verfolgung zu verstecken. Viele Eltern wollten ihre Kinder nicht mit den Härten belasten, die sie erben würden, wenn sie sich als Christen taufen ließen, und haben sie deshalb nicht als solche erzogen. Im Jahr 1971 meldete die Erzdiözese Havanna nur 7000 Taufen. 1989 stieg diese Zahl auf 27 609 und 1991 auf 33 569.

Im Jahr 1985 veröffentlichte der Staatsrat in Havanna ein Bestseller-Buch mit dem Titel „Fidel und die Religion“, das die gekürzte Abschrift von 23 Stunden Interviews zwischen Fidel Castro und einem brasilianischen befreiungstheologischen Mönch namens Frei Betto enthielt, der außerhalb der Veröffentlichung die Verantwortung für den Ausschluss von Nicht-Atheisten von der Mitgliedschaft in der Kommunistischen Partei mit der Begründung übernahm, dass:

Was wir forderten, war die volle Einhaltung des Marxismus-Leninismus… Jeder, der der Partei beitrat, musste die Politik und die Doktrin der Partei in jeder Hinsicht akzeptieren.

In den folgenden Jahren und nach dem Zusammenbruch der Sowjetunion nahm der Staat eine versöhnlichere Haltung gegenüber der Religion ein und förderte den Atheismus weniger stark. Im November 1991 begann die Kommunistische Partei, Gläubige in ihre Reihen aufzunehmen. Im Juli 1992 wurde die Verfassung dahingehend geändert, dass die Definition Kubas als Staat auf der Grundlage des Marxismus-Leninismus gestrichen und Artikel 42 hinzugefügt wurde, der die Diskriminierung auf der Grundlage religiöser Überzeugungen verbietet.

Nach drei Jahrzehnten staatlichem Atheismus war die kubanische Gesellschaft Anfang der 1990er Jahre jedoch fast vollständig säkularisiert. Der wöchentliche Kirchenbesuch auf der 11-Millionen-Insel wurde auf etwa 250.000 oder etwa 2 % der Bevölkerung geschätzt (mit einer gleichmäßigen Aufteilung zwischen Katholiken und Protestanten). Kuba hatte weniger Priester pro Kopf als jedes andere lateinamerikanische Land.

Seit 1998 wurden die Beschränkungen gelockert und die Anfechtungen des Rechts auf Glauben durch staatliche Institutionen wurden ebenfalls gelockert, obwohl die Kirche immer noch Beschränkungen bei der schriftlichen und elektronischen Kommunikation unterworfen ist und nur Spenden aus staatlich genehmigten Finanzierungsquellen annehmen darf. Die katholische Kirche besteht aus der Katholischen Bischofskonferenz Kubas (COCC), die von Jaime Lucas Ortega y Alamino, Kardinalerzbischof von Havanna, geleitet wird. Sie hat elf Diözesen, 56 Nonnen- und 24 Priesterorden.

Die kubanische Bischofskonferenz hat sich sehr kritisch über das US-Embargo gegen Kuba geäußert und behauptet, dass die gesamte Bevölkerung darunter gelitten hat. Die Konferenz der katholischen Bischöfe der Vereinigten Staaten hat sich davon beeinflussen lassen und dafür plädiert, dass Lebensmittel und Medikamente vom Embargo ausgenommen werden sollten.

Im Januar 1998 stattete Papst Johannes Paul II. der Insel auf Einladung der kubanischen Regierung und der katholischen Kirche einen historischen Besuch ab. Bei seinem Besuch kritisierte er die US-Blockade.

Am 20. Oktober 2008 wurde die erste orthodoxe Kirche in Kuba im Rahmen einer offiziellen Zeremonie in Anwesenheit von Raúl Castro eröffnet.