Trotz des Mangels an Niederschlägen ist die natürliche Vegetation Ägyptens sehr vielfältig. In weiten Teilen der westlichen Wüste gibt es keinerlei Pflanzen, aber dort, wo es Wasser gibt, wächst der übliche Wüstenbewuchs aus Stauden und Gräsern; der Küstenstreifen weist im Frühjahr eine reiche Pflanzenwelt auf. In der östlichen Wüste fällt nur wenig Niederschlag, aber sie beherbergt eine vielfältige Vegetation, zu der Tamarisken, Akazien und Markh (ein blattloser, dornenloser Baum mit kahlen Ästen und schlanken Zweigen) ebenso gehören wie eine große Vielfalt an dornigen Sträuchern, kleinen Sukkulenten und aromatischen Kräutern. Dieser Wuchs ist in den Wadis der Hügel am Roten Meer und auf dem Sinai sowie in den ʿIlbah (Elba)-Bergen im Südosten noch auffälliger.

Der Nil und die Bewässerungskanäle und -gräben beherbergen viele Arten von Wasserpflanzen; der Lotos des Altertums ist in den Entwässerungskanälen des Deltas zu finden. Es gibt mehr als 100 Arten von Gräsern, darunter Bambus und Esparto (ḥalfāʾ), ein grobes, langes Gras, das in der Nähe von Wasser wächst. Robustes, mehrjähriges Schilf wie das Spanische Schilf und das Gemeine Schilf sind in Unterägypten weit verbreitet, während der Papyrus, der in der Antike kultiviert wurde, heute nur noch in botanischen Gärten zu finden ist.

Die Dattelpalme, sowohl kultiviert als auch subspontan, ist im gesamten Delta, im Niltal und in den Oasen zu finden. Die Doum-Palme (Hyphaene thebaica; eine afrikanische Fächerpalme) ist vor allem in Oberägypten (dem südlichen Teil des Niltals) und in den Oasen zu finden, obwohl es auch anderswo vereinzelte Exemplare gibt.

Es gibt nur sehr wenige einheimische Bäume. Der phönizische Wacholder ist der einzige einheimische Nadelbaum, obwohl es mehrere kultivierte Nadelbaumarten gibt. Die Akazie ist weit verbreitet, ebenso wie Eukalyptus und Platane. Mehrere Arten der Gattung Casuarina (Ordnung der Rinderhölzer), die im 19. Jahrhundert eingeführt wurden, sind heute die wichtigsten Nutzholzbäume des Landes. Andere aus dem Ausland eingeführte Arten wie Jacaranda, Royal Poinciana (ein Baum mit orangefarbenen oder scharlachroten Blüten) und Lebbek (Albizia lebbek; ein Hülsenfruchtbaum) sind zu einem charakteristischen Merkmal der ägyptischen Landschaft geworden.

Zu den Haustieren gehören Büffel, Kamele, Esel, Schafe und Ziegen, von denen die letzteren in der ägyptischen Landschaft besonders auffällig sind. Die auf den altägyptischen Friesen abgebildeten Tiere – Nilpferde, Giraffen und Strauße – gibt es in Ägypten nicht mehr; Krokodile sind nur noch südlich des Aswān-Hochdamms zu finden. Das größte Wildtier ist das Aoudad (eine Art Bartschaf), das in den südlichen Festungen der westlichen Wüste überlebt. Andere Wüstentiere sind die Dorcas-Gazelle, der Fennec (ein kleiner, wüstenbewohnender Fuchs), der nubische Steinbock, der ägyptische Hase und zwei Arten von Jerboa (ein mausähnliches Nagetier mit langen Hinterbeinen zum Springen). Den ägyptischen Schakal (Canis lupaster) gibt es noch, und die Hyrax ist im Sinai-Gebirge zu finden. Es gibt zwei fleischfressende Säugetiere: die Caffre-Katze, eine kleine Raubkatze, und den Schlupfwespen, auch Ägyptischer Mungo genannt. Es gibt mehrere Arten von Eidechsen, darunter den großen Waran. Zu den Giftschlangen gehören mehrere Vipernarten; die gefleckte Schlange ist im gesamten Niltal verbreitet, die Ägyptische Kobra (Naje haje) in den landwirtschaftlichen Gebieten. Skorpione sind in den Wüstenregionen weit verbreitet. Es gibt zahlreiche Arten von Nagetieren. Es gibt viele verschiedene Insektenarten, darunter die Heuschrecke.

Ägypten ist reich an Vögeln. Viele Vögel ziehen auf ihrem Frühjahrs- und Herbstzug in großer Zahl durch; insgesamt gibt es mehr als 200 Zugvogelarten und mehr als 150 heimische Vögel zu sehen. Die Nebelkrähe ist ein bekannter Bewohner, und der Schwarzmilan ist entlang des Niltals und in Al-Fayyūm charakteristisch. Zu den Raubvögeln gehören der Lannerfalke und der Turmfalke. Lämmergeier und Steinadler leben in der östlichen Wüste und auf der Sinai-Halbinsel. Der Heilige Ibis (ein langschnäbliger Watvogel, der mit dem alten Ägypten in Verbindung gebracht wird) ist nicht mehr anzutreffen, aber der Silberreiher und der Kuhreiher kommen im Niltal und in Al-Fayyūm vor, ebenso wie der Wiedehopf (ein Vogel mit einem aufrechten fächerartigen Kamm). Eine eigene Kategorie bilden die Wüstenvögel, von denen es etwa 24 Arten gibt.

Im Nil gibt es etwa 190 Fischarten, von denen der Bulṭī (Tilapia nilotica; ein grobschuppiger, stachelbewehrter Fisch) und der Nilbarsch am häufigsten sind. In den Seen an der Deltaküste leben vor allem būrī (Graue Meeräsche). Der Qārūn-See im Gouvernement Al-Fayyūm (muḥāfaẓah) wurde mit būrī und der Nassersee mit bulṭī bestückt, die in seinen Gewässern sehr groß werden.