Loggains war von 2012 bis 2013 Offensive Coordinator bei den Tennessee Titans und gehörte zum Trainerstab von Mike Munchak. Wenige Tage nachdem Ken Whisenhunt 2014 das Amt des Titans-Cheftrainers übernommen hatte, wurde Loggains mitgeteilt, dass er nicht in der Organisation bleiben würde. Zuvor war er der Quarterbacks-Coach des Teams gewesen.
Loggains war 2014 als Quarterbacks-Coach für die Cleveland Browns tätig. Er war ein Befürworter der Verpflichtung von Texas A&M-Quarterback Johnny Manziel.
Im nächsten Jahr war Loggains auf Jobsuche. Er wurde von den New York Giants für einen Job als Offensive Coordinator interviewt, wurde aber stattdessen am 23. Januar 2015 von den Bears als Quarterbacks Coach eingestellt. Unter Loggains‘ Leitung erlebte Quarterback Jay Cutler eine seiner besten Saisons: Er beendete das Jahr 2015 mit 3.629 Passing Yards, 21 Touchdowns, 11 Interceptions und Karrierehöchstwerten beim Passer Rating (92,3) und der Abschlussquote (64,4). Die 11 Interceptions waren die niedrigsten in seiner Karriere und führten zu einem Interception-Prozentsatz von 2,3, dem niedrigsten in einer Saison, in der er mindestens 12 Spiele begonnen hat, während 21 Touchdowns seine zweitmeisten seit 2011 waren und die 3.629 Yards die drittmeisten in seiner Karriere. Beim Third Down hatte Cutler ein Passer Rating von 103,2 (vierter Platz in der NFL), nachdem er 91 von 141 Pässen für 1.242 Yards, sieben Touchdowns und zwei Interceptions gefangen hatte. Gegen die Seattle Seahawks hingegen brachte Backup-Quarterback Jimmy Clausen 9 von 17 Pässen für 63 Yards an und kam inklusive Sacks auf 48 Netto-Passing-Yards – das zweite Mal seit der Saison 1990, dass die Bears weniger als 50 Netto-Passing-Yards erzielten. Die Bears beendeten das Jahr mit 228,9 Passing Yards pro Spiel, Platz 23 in der Liga, mit der Quarterback-Gruppe mit einer kombinierten 63,9 Completion-Prozentsatz und 2,3 Interception-Prozentsatz, die beide den dritten Platz in der Team-Geschichte, zusammen mit 3.843 Brutto-Passing-Yards und ein 42.5 Third-Down-Prozentsatz (Vierter), 3.660 Netto-Passing-Yards (Fünfter), zusammen mit 5.514 Gesamt-Netto-Yards und einem 89,7 Passer Rating (Sechster).
Loggains wurde am 11. Januar 2016 zum Offensive Coordinator befördert, als Adam Gase die Position verließ, um Head Coach der Miami Dolphins zu werden. Während Loggains‘ Amtszeit als OC hatten die Bears zu kämpfen: In einem ESPN-Ranking vom November 2017 belegte er den letzten Platz unter 32 Playcallern, während die Offensive die Saison 2017 mit durchschnittlich nur 16,5 Punkten pro Spiel (29. der Liga) beendete. Nachdem Head Coach John Fox gefeuert wurde, traf Loggains in Miami wieder auf Gase und erhielt eine weitere Position als Offensive Coordinator.
Am 23. Januar 2019 traf Loggains erneut auf Adam Gase, nachdem dieser als Offensive Coordinator/Quarterbacks Coach für die New York Jets angeheuert wurde.Am 25. Oktober 2020, im Vorfeld des Spiels in Woche 7 gegen die Buffalo Bills, gab Head Coach Adam Gase die Aufgaben des Offensive Playcalls ab und übergab sie an Loggains. Trotz einer starken Leistung in der ersten Halbzeit und einer 10:6-Führung gelang es Loggains in der zweiten Halbzeit nicht, sich zu steigern, was in einer 18:10-Niederlage gegen Buffalo gipfelte. Am 28. Oktober 2020, vor dem Spiel gegen die Kansas City Chiefs, wurde berichtet, dass Loggains wieder mit der Leitung der Offensive betraut werden würde.