Der logP-Wert einer Verbindung, der dem Logarithmus des Verteilungskoeffizienten zwischen n-Octanol und Wasser log(coctanol/cwater) entspricht, ist ein bewährtes Maß für die Hydrophilie der Verbindung. Niedrige Hydrophilie und damit hohe logP-Werte führen zu schlechter Absorption oder Permeation. Es hat sich gezeigt, dass der logP-Wert einer Verbindung nicht größer als 5,0 sein darf, damit die Wahrscheinlichkeit, dass sie gut absorbiert wird, angemessen ist. Die Verteilung der berechneten logP-Werte von mehr als 3000 auf dem Markt befindlichen Arzneimitteln unterstreicht diese Tatsache (siehe Diagramm)

Unsere hauseigene logP-Berechnungsmethode ist als Inkrementensystem implementiert, bei dem die Beiträge jedes Atoms auf der Grundlage seines Atomtyps hinzugefügt werden. Insgesamt unterscheidet die cLogP-Vorhersagemaschine 368 Atomtypen, die sich aus verschiedenen Eigenschaften des Atoms selbst (Atom-Nr. und Ringzugehörigkeit) sowie seiner direkten Nachbarn (Bindungstyp, Aromatizitätszustand und kodierte Atom-Nr.) zusammensetzen. Mehr als 5000 Verbindungen mit experimentell bestimmten logP-Werten wurden als Trainingsset verwendet, um die 369 mit den Atomtypen verbundenen Beitragswerte zu optimieren. Die Korrelationsgrafik (siehe Diagramm) zeigt, dass sich die berechneten und die experimentell ermittelten logP-Werte eines unabhängigen Testsatzes von mehr als 5000 Verbindungen von denen des Trainingssatzes unterscheiden.