Dieses Kapitel gibt einen Überblick über Pilze und eukaryotische Algen, da diese beiden Gruppen eine Reihe von Morphologien gemeinsam haben, d.h. von fadenförmig bis zellulär. Pilze binden den Boden durch ihre fadenförmige Form, ihre Exsudate und ihre trophischen Interaktionen mit allen anderen Gruppen von Bodenorganismen. Pilze sind für den Kohlenstoff- und Stickstoffkreislauf von enormer Bedeutung, da sie in der Lage sind, komplexe Substrate pflanzlichen Ursprungs abzubauen, die in den meisten terrestrischen Ökosystemen bis zu 90 % der Nettoprimärproduktivität ausmachen. Darüber hinaus haben die meist mutualistischen Symbiosen zwischen vielen Pilzen und Pflanzenwurzeln, die so genannten Mykorrhizen, sowie die parasitären Interaktionen, die zu vielen Pflanzenkrankheiten führen, enorme ökologische und wirtschaftliche Auswirkungen. Die vorübergehend oder dauerhaft feuchten Ränder von Flüssen, Seen und Teichen sowie die torfigen Substrate von Mooren und Sümpfen beherbergen viele Süßwasseralgen, die nicht weit vom Wasser entfernt gedeihen. Die verschiedenen Böden der gemäßigten und tropischen Landwirtschaft, Grasland, Wälder, arktische und alpine Tundra und sogar Wüsten beherbergen ebenfalls eine überraschend vielfältige und aktive Flora von eukaryotischen Algen und Cyanobakterien. In diesem Kapitel werden die Klassifizierung und die Merkmale von Pilzen und eukaryotischen Algen sowie die ökologische Rolle dieser Gruppen im Boden erläutert.