Uganda har været ramt af periodiske konflikter siden uafhængigheden i 1962. I 1967 væltede den første premierminister, Dr. Milton Obote, landets første præsident, Sir Edward Mutesa II, og erklærede Uganda for en republik. Flere militærkup og voldelige regimer fulgte efter – herunder Idi Amin (1971-1979) – og har siden resulteret i hundredtusindvis af dødsfald og langvarige lidelser for uganderne. 55 år efter uafhængigheden har landet endnu ikke været vidne til en demokratisk magtoverdragelse fra en leder til en anden.

Det seneste kup, i 1986, bragte den nuværende præsident Yoweri Museveni til magten. Hans regering har mødt væbnet modstand fra forskellige grupper i hele landet. Gennem en blanding af diktatur og manipulation har Museveni haft et fast greb om landets magtmantel i de sidste 31 år og mere.
Siden 1990’erne har Uganda været involveret i en række borgerkrige, hvoraf den mest langvarige var en 20 år lang krig mod Joseph Konys Lord’s Resistance Army (LRA), hvis mål var at etablere en stat baseret på de ti bud. LRA blev berygtet for deres bortførelse af 60 000 børn til at tjene som børnesoldater og sexslaver.

En periode med stabilitet fulgte efter fredsforhandlingerne i Juba fra 2006-2008, men volden blev hurtigt genoptaget efter en mislykket militær offensiv for at udrydde LRA i deres skjulesteder i Garamba, hvilket førte til dens nuværende indfald i Den Centralafrikanske Republik og dele af Den Demokratiske Republik Congo.

I 2005 blev de fem øverste LRA-ledere tiltalt for krigsforbrydelser og forbrydelser mod menneskeheden. I 2017 er kun én juniorkommandant, Dominic Ongwen, blevet stillet for Den Internationale Straffedomstol. Kony er dog fortsat på fri fod. Den USA-støttede regionale taskforce fra Den Afrikanske Union har presset gruppen tilbage og meddelte, at dens mission var afsluttet i maj 2017. Nogle analytikere hævder dog, at aktive splittelser i CAR peger på muligheden for en genopstandelse.

Trods tidligere tilsagn om demokrati og menneskerettigheder afskaffede Museveni også sin tidsbegrænsning. Hans gentagne genvalg er blevet skæmmet af beskyldninger om valgsvindel og vold. I 2016 blev hans modstander, Dr. Kizza Besigye, og hans tilhængere voldsomt chikaneret af sikkerhedsstyrker, der tilsyneladende handlede ustraffet. I september 2017 indledte Museveni et kraftigt skridt i parlamentet for at ændre artikel 102 (b) i forfatningen for at fjerne tidsbegrænsningerne for det ugandiske præsidentembede og bane vejen for at sidde på livstid.

En million sudanesiske flygtninge er også flygtet til Uganda fra borgerkrigen, hvilket lægger yderligere pres på den ugandiske stat og det ugandiske samfund.