Svampemyg i familien Sciaridae kan være skadedyr. De er typisk uskadelige for sunde planter – og mennesker – men kan påføre store skader på frøplanter; deres tilstedeværelse kan være tegn på mere alvorlige problemer. I stueplanter kan tilstedeværelsen af sciarider være tegn på overvanding; de kan spise af rødder, der har været nedsænket i vand for længe og derfor rådner, eller myggene kan være tiltrukket af svamp, der vokser i mættet muldjord. Hvis man lader jorden tørre, kan man derfor reducere antallet af snyltehvepse. Skadedyrene bekæmpes undertiden også ved at lægge et lag sand eller indendørs muld oven på jorden omkring planterne; ved at indføre Hypoaspis miles-mider eller anvende det biologiske larvemiddel Bacillus thuringiensis (var. israelensis) for at dræbe myggelarver; ved årligt at overrisle jorden med en insekticid sæbe. Brintoverilte kan blandes med vand og anvendes til at dræbe larver af svampemyg i inficeret jord med en blanding af en del 3 % brintoverilte blandet med fire dele vand og derefter påført jorden. De voksne kan fanges med klæbende fælder lavet af gult karton eller kraftigt papir belagt med et klæbemiddel, da de voksne tiltrækkes af farven gul.

Da myggene er svage flyvere, kan fælder baseret på ventilatorer samt andre fluedræbende anordninger anvendes til at hjælpe med at bekæmpe fritflyvende myg, især indendørs. Der findes en række giftige og ikke-toksiske metoder til bekæmpelse af snyltehvepse og deres larver, herunder nematoder, diatoméjord eller kanelpulver.

I kommercielle drivhuse anvendes typisk insektvækstregulatoren diflubenzuron til bekæmpelse af snyltehvepse og deres larver. Det anvendes på inficeret jord og dræber larver af svampemyg i 30-60 dage efter en enkelt anvendelse. Dets virkningsmekanisme er at forstyrre produktionen og aflejringen af chitin, og det får også insektlarverne til at forvandle sig tidligt uden et korrekt dannet exoskelet, hvilket resulterer i larvernes død. Selv om det er målrettet mod larver af svampemyg, skal man være forsigtig med at anvende det, da det er meget giftigt for hvirvelløse vanddyr. Diflubenzuron har typisk ingen toksisk virkning på voksne organismer; det er kun larverne, der påvirkes.