South Carolina Military Academy var en forgængerinstitution med to campusser til The Citadel. Den blev oprettet i 1842 af South Carolinas lovgivende forsamling.

South Carolina havde bygget en række arsenaler rundt om i staten efter det planlagte slaveoprør af Danmark Vesey i 1822; disse blev samlet i arsenalerne i Columbia og Charleston. Da de ikke længere blev betragtet som militært nødvendige, blev de i 1842 til South Carolina Military Academy, der bestod af Arsenal Academy i Columbia og Citadel Academy i Charleston. Under borgerkrigen tjente studerende fra begge som bataljon af statskadetter; undervisningen fortsatte med afbrydelser. SCMA-kadetterne affyrede de første skud i borgerkrigen den 9. januar 1861, da de bemandede en kanonstilling på Morris Island i South Carolina, som beskød Unionens dampskib Star of the West; bataljonen af statskadetter udgjorde over en tredjedel af en konfødereret styrke, der forsvarede en strategisk jernbanebro i slaget ved Tulifinny i 1864, den eneste lejlighed, hvor hele studenterkorpset på et amerikansk college kæmpede i kamp.

Arsenal Academy blev brændt af unionstropper i 1865 og blev aldrig genåbnet; den eneste overlevende bygning blev South Carolinas guvernørbolig. Citadel Academy og South Carolina Military Academy blev lukket i 1865; dets bygninger var på føderale hænder indtil 1882. En lov fra South Carolinas lovgivende forsamling i 1882 genåbnede South Carolinas militærakademi, men brugte kun campus i Charleston. Skolen, der almindeligvis var kendt som The Citadel Academy, blev omdøbt i 1910 til The Citadel, efter at navnet “Academy” blev almindeligt for high schools snarere end for colleges.