Kranierne i de forskellige underklasser og ordener varierer på de måder, der er nævnt nedenfor. Ud over forskelle i åbninger på siden af kraniet og i generel form og størrelse er de mest betydningsfulde variationer i reptilers kranier de variationer, der påvirker bevægelserne i kraniet.

Som gruppe adskiller reptilskallerne sig fra de tidlige amfibiers kranier. Reptiler mangler en otic notch (en fordybning på bagsiden af kraniet) og flere små knogler på bagsiden af kraniets tag. Kranierne hos moderne krybdyr er også skarpt afgrænset fra pattedyrenes kranier på mange måder, men de tydeligste forskelle findes i underkæben og de tilstødende regioner. Krybdyr har en række knogler i underkæben, hvoraf kun én, tandbenet (dentary), bærer tænder. Bag tandbenet er der en lille knogle, ledbenet, som danner et led med den firedelte knogle nær bagsiden af kraniet. I modsætning hertil består underkæben hos pattedyr af en enkelt knogle, dentary, mens articular og quadrate er blevet en del af en kæde af små knogler i mellemøret. En næsten fuldstændig overgang mellem disse to meget forskellige arrangementer er kendt fra fossiler af tidlige synapsider (ordenen Therapsida).

Tandlæget hos de fleste krybdyr viser kun lidt specialisering i en given tandrække. Et gebis, der opdeler grupper af tænder i særskilte blæreagtige fortænder, stødtandslignende hjørnetænder og fladkronede kindtænder forekommer hos pattedyr, men ikke hos krybdyr. I stedet består hele tandrækken normalt af lange koniske tænder. Giftige slanger har et eller flere hule eller rillede hugtænder, men de har samme form som de fleste slangetænder. De vigtigste forskelle mellem arterne ligger i antallet, længden og placeringen af tænderne. Krokodiller blandt de levende former og dinosaurer blandt de uddøde former har kun en enkelt øvre og en enkelt nedre tandrække. Slanger og mange uddøde krybdyrgrupper har tænder på ganebogsknoglerne (vomer, palatin, pterygoid) og på overkæbens knogler (premaxilla, maxilla). Der er dog kun én tandrække på underkæben.

Hedehamse har koniske eller blæreformede bikuspide eller trikuspide tænder. Nogle arter har koniske tænder fortil i kæberne og cuspide tænder bagtil, men sidstnævnte kan ikke sammenlignes med pattedyrs kindtænder, hverken i form eller funktion. (De er hverken fladkronede eller bruges til at kværne føde.) Skildpadder, bortset fra de tidligst uddøde arter, mangler tænder. I stedet har de øvre og nedre hornplader, der tjener til at bide stykker mad af.

Reptilernes tænder er også mindre specialiserede i deres funktion end pattedyrenes tænder. De større kødædende krybdyr er kun udstyret til at rive eller bide store stykker af deres bytte af og sluge dem uden at tygge dem. Insektædende øgler, som udgør størstedelen af alle øgler, knækker normalt deres insektbyttes exoskelet, hvorefter de sluger byttet uden at kværne det. Slanger sluger simpelthen deres bytte helt uden nogen mekanisk reduktion, selv om stiksårene tillader fordøjelsesenzymer at trænge ind i byttet for at hjælpe fordøjelsen.

Mange krybdyr har udviklet led (ud over hængsel til underkæben) i kraniet, der tillader en lille bevægelse af en del i forhold til andre. Evnen til en sådan bevægelse i kraniet, kaldet kinesis, gør det muligt for et dyr at øge mundvigen og er således en tilpasning til at sluge store genstande. Tilsyneladende havde nogle af de store kødædende theropoddinosaurer (f.eks. Allosaurus) et led mellem frontal- og parietalknoglerne i kraniets tag. Alle krybdyr i superordenen Lepidosauria (øgler, slanger og tuatara) har kinetiske kranier, men de adskiller sig fra dinosaurerne ved, at leddet på kraniebunden forekommer ved sammenfaldet af basisphenoid- og pterygoid-knoglerne hos lepidosaurierne.

Lepidosauriernes kranier blev mere og mere kinetiske i takt med, at nye grupper udviklede sig. Sphenodontia (som omfatter levende tuatara ) og deres forfædre, Rhynchocephalia, havde kun basisphenoidal-pterygoidal leddet. Firbenene mistede den nedre tindingebjælke, hvilket frigjorde quadratbenet og tillod større bevægelse af underkæben, som er hængslet til quadratbenet. Endelig kulminerer denne tendens hos slangerne i det mest bevægelige kranium blandt hvirveldyrene. Slangernes kranier har det forfødte basisfænoidal-pterygoidal led, en meget bevægelig quadrate (som giver underkæben endnu større bevægelighed) og overkæber, der kan dreje om deres længdeakse og bevæge sig både fremad og bagud. Mange slangearter har også et hængsel på kraniets tag mellem næse- og frontalknoglerne, som gør det muligt at hæve snuden en smule. Kort sagt er den eneste del af slangens kranie, der ikke kan bevæge sig, hjerneskallen.