Efter den cubanske revolution i 1959 begrænsede Cuba den religiøse praksis, hvilket førte til forfølgelse af mange katolikker på universiteter og arbejdspladser. Regeringen anerkender i sin forfatning borgernes ret til at bekende sig til og praktisere enhver religiøs tro inden for rammerne af respekten for loven; i praksis pålægger regeringen dog restriktioner på religionsfriheden.

Studier har angiveligt forsøgt at forbinde afro-cubanske religioner med psykisk sygdom.Kampagnen for udryddelse af racediskrimination i Cuba blev (og bliver) brugt som en grund til at forbyde oprettelsen af afro-cubanske institutioner, fordi det blev stemplet som racistisk splittende.

1970’erne var turbulente, og mange troende besluttede at skjule deres tro som reaktion på statens forfølgelse. Mange forældre ønskede ikke at belaste deres børn med de problemer, som de ville arve, hvis de blev døbt som kristne, og derfor opdragede de dem ikke som sådan. I 1971 rapporterede ærkebispedømmet Havana kun 7000 dåb. I 1989 steg dette tal til 27 609 og i 1991 til 33 569 dåb.

I 1985 udgav statsrådet i Havana en bestseller med titlen Fidel and Religion, som var en forkortet udskrift af 23 timers interview mellem Fidel Castro og en brasiliansk befrielsesteolog ved navn Frei Betto, som uden for udgivelsen tildelte ansvaret for at udelukke ikke-ateister fra medlemskab af det kommunistiske parti med den begrundelse, at:

Det, vi krævede, var fuld tilslutning til marxismen-leninismen… Enhver, der blev medlem af partiet, skulle acceptere partiets politik og doktrin i alle henseender.

I de følgende år og efter Sovjetunionens sammenbrud indtog staten en mere forsonende holdning over for religion og mindskede sin fremme af ateisme. I november 1991 begyndte det kommunistiske parti at tillade troende at komme ind i sine rækker. I juli 1992 blev forfatningen ændret for at fjerne definitionen af Cuba som en stat baseret på marxisme-leninisme, og der blev tilføjet en artikel 42, som forbyder diskrimination på grund af religiøs overbevisning.

I begyndelsen af 1990’erne var det cubanske samfund imidlertid efter tre årtier med statslig ateisme blevet næsten fuldstændig sekulariseret efter tre årtier med statslig ateisme. Det ugentlige kirkegang på øen med 11 millioner indbyggere blev anslået til omkring 250.000 eller ca. 2 % af befolkningen (med en ligelig fordeling mellem katolikker og protestanter).Cuba havde færre præster pr. indbygger end noget andet latinamerikansk land.

Siden 1998 er restriktionerne blevet lempet, og de statslige institutioners udfordringer med retten til at tro er også blevet lempet, selv om kirken stadig er underlagt restriktioner for skriftlig og elektronisk kommunikation og kun kan modtage donationer fra statsgodkendte finansieringskilder. Den katolske kirke består af den katolske bispekonference i Cuba (COCC), der ledes af Jaime Lucas Ortega y Alamino, kardinal ærkebiskop af Havana. Den har 11 bispedømmer, 56 nonneordener og 24 præsteordener.

Den cubanske biskopskonference har været meget kritisk over for USA’s embargo mod Cuba og har hævdet, at hele befolkningen har lidt under den. Den amerikanske konference af katolske biskopper er blevet påvirket af dette og har argumenteret for, at fødevarer og medicin bør udelukkes fra embargoen.

I januar 1998 aflagde pave Johannes Paul II et historisk besøg på øen efter invitation fra den cubanske regering og den katolske kirke. Han kritiserede USA’s blokade under sit besøg.

Den 20. oktober 2008 åbnede den første ortodokse kirke i Cuba under en officiel ceremoni med deltagelse af Raúl Castro.