T-cellegrenen af immunsystemet kan reagere på et stort set uendeligt udvalg af eksogene antigener, hvilket indebærer muligheden for selvantigengengenkendelse og farlige autoimmune reaktioner. Derfor fungerer reguleringsmekanismer både under ontogenesen i thymus og efter fødslen i periferien. Kontrollen af selvreaktive T-celler sker gennem en proces med negativ selektion, der resulterer i apoptose af T-celler, der udviser høj affinitet for selvpeptider, som udtrykkes på thymusniveau ved hjælp af promiskuøs genekspression. Selvreaktive T-celler, der er undsluppet negativ selektion, kontrolleres i periferien af andre reguleringsmekanismer, hvoraf den vigtigste er naturlige Foxp3+ T-regulatoriske (Treg) celler. Regulering er også nødvendig for at kontrollere overdrevne effektor-T-celleresponser mod eksogene antigener, når de bliver farlige for kroppen. Der er blevet anerkendt tre typer af effektor-T-celler: T-hjælper 1 (Th1) celler, som beskytter mod intracellulære bakterier, Th2 celler, som spiller en vis rolle i beskyttelsen mod nematoder, men som er ansvarlige for allergiske reaktioner, og Th17 celler, som sandsynligvis er effektive i beskyttelsen mod ekstracellulære bakterier, men som også spiller en rolle i forstærkningen af autoimmune lidelser. Unormale eller overdrevne Th-effektorresponser reguleres af forskellige mekanismer. Omdirigering eller immundeviation af Th1- eller Th2-dominerede responser sker ved hjælp af cytokiner, der produceres af de samme celletyper, og af de CXCR3-bindende kemokiner CXCL4 og CXCL10. Desuden kan både Th1- og Th2-responser undertrykkes af adaptive Treg-celler gennem kontaktafhængige mekanismer og/eller produktion af IL-10 og transformerende vækstfaktor-beta (TGF-beta). Endelig kan TGF-beta1 fremme udviklingen af både Th17-effektor- og adaptive Treg-celler, mens den samtidige produktion af IL-6 bidrager til udviklingen af Th17-celler, men hæmmer Treg-celler. Udviklingen af Th17-celler nedreguleres også af IL-4, der produceres af Th2-celler, og af IFN-gamma, der produceres af Th1-celler.