På trods af den manglende nedbør er den naturlige vegetation i Egypten meget varieret. En stor del af den vestlige ørken er helt blottet for enhver form for planteliv, men hvor der findes en eller anden form for vand, findes den sædvanlige ørkenvækst af stauder og græs; kyststriben har et rigt planteliv om foråret. Den østlige ørken får kun sparsomt med regn, men den har en varieret vegetation, der omfatter tamarisk, akacie og markh (et blad- og tornløst træ med nøgne grene og slanke kviste) samt et stort udvalg af tornede buske, små sukkulenter og aromatiske urter. Denne vækst er endnu mere slående i wadis i Rødehavsbjergene og i Sinai og i ʿIlbah-bjergene (Elba-bjergene) i sydøst.

Nilen og vandingskanaler og grøfter understøtter mange sorter af vandplanter; antikkens lotus findes i afvandingskanaler i deltaet. Der findes mere end 100 slags græsser, heriblandt bambus og esparto (ḥalfāʾ), et groft, langt græs, der vokser nær vand. Robuste flerårige sivarter som spansk rørgræs og almindelig rørgræs er vidt udbredt i Nedre Egypten, men papyrus, der blev dyrket i oldtiden, findes nu kun i botaniske haver.

Daddelpalmen, både dyrket og subspontan, findes i hele deltaet, i Nildalen og i oaserne. Doumpalmen (Hyphaene thebaica; en afrikansk viftepalme) identificeres især med Øvre Egypten (den sydlige del af Nildalen) og oaserne, selv om der findes spredte eksemplarer andre steder.

Der findes kun meget få indfødte træer. Den fønikiske enebær er det eneste hjemmehørende nåletræ, selv om der findes flere dyrkede nåletræarter. Akacie er vidt udbredt, og det samme gælder eukalyptus og sycamore. Adskillige arter af slægten Casuarina (ordenen oksekødstræer), der blev importeret i det 19. århundrede, er nu landets vigtigste træer til træbearbejdning. Andre udenlandske importerede træer, såsom jacaranda, royal poinciana (et træ med orange eller skarlagenrøde blomster) og lebbek (Albizia lebbek; et bælgfrugttræ), er blevet et karakteristisk træk i det egyptiske landskab.

Husdyr omfatter bøfler, kameler, æsler, får og geder, hvoraf de sidstnævnte er særligt iøjnefaldende på det egyptiske landskab. De dyr, der figurerer så fremtrædende på de gamle egyptiske friser – hippopotamer, giraffer og strudse – findes ikke længere i Egypten; krokodiller findes kun syd for Aswān High Dam. Det største vilde dyr er aoudad (en type skægfår), som overlever i den vestlige ørkens sydlige fastelavn. Andre ørkendyr er dorcasgazellen, fennec (en lille ræv, der lever i ørkenen), den nubiske stenbuk, den egyptiske hare og to arter af jerboa (en muselignende gnaver med lange bagben til at hoppe med). Den egyptiske sjakal (Canis lupaster) findes stadig, og hyrxen findes i Sinaibjergene. Der findes to kødædende pattedyr: Caffrekatten, et lille rovdyr, og ichneumon, den egyptiske manguster. Der findes flere forskellige øglearter, bl.a. den store varan. Blandt de giftige slanger er der mere end en art hugorm; den plettede slange findes i hele Nildalen og den egyptiske kobra (Naje haje) i landbrugsområder. Skorpioner er almindelige i ørkenområderne. Der findes mange arter af gnavere. Der findes mange forskellige insekter, bl.a. græshopper.

Egypten er rigt på fugleliv. Mange fugle passerer i stort antal gennem landet på deres forårs- og efterårstræk; i alt kan man se mere end 200 trækfuglearter samt mere end 150 herboende fugle. Den hætteklædte krage er en velkendt beboer, og den sorte drage er karakteristisk langs nildalen og i Al-Fayyūm. Blandt rovfuglene kan nævnes lannerfalken og tårnfalken. Lammergeier og kongeørne lever i den østlige ørken og på Sinai-halvøen. Den hellige ibis (en langnæbbet vadefugl, der forbindes med det gamle Egypten) findes ikke længere, men den store hvide hejre og kvæghejren forekommer i Nildalen og Al-Fayyūm, og det samme gælder hoppen (en fugl med en oprejst vifteformet krone). De herboende ørkenfugle er en særskilt kategori, der tæller omkring 24 arter.

Nilen indeholder omkring 190 fiskearter, hvoraf de mest almindelige er bulṭī (Tilapia nilotica; en grovskællet, pigfinnet fisk) og nilaborre. Søerne ved deltaets kyst indeholder hovedsagelig būrī (grå multe). Qārūn-søen i guvernementet Al-Fayyūm (muḥāfaẓah) er blevet udlagt med būrī og Nasser-søen med bulṭī, som bliver meget store i dens farvande.