Klinisk information
Kromosomal mikroarray (array comparative genomic hybridization,aCGH) analyse er nyttig til påvisning af klinisk signifikante copynumber abnormiteter hos patienter med fænotypiske træk, der tyder på en medfødt kromosomom omlægning. Mikroarraytestning giver mulighed for en undersøgelse af hele genomet med meget høj opløsning og anbefales i øjeblikket af American College of MedicalGenetics som en test af første rang til visse patienter.
Den del af mikroarrayet, der omfatter SNP’er (single nucleotide polymorphism), gør det muligt at påvise regioner med manglende heterozygotitet (AOH). Lange sammenhængende strækninger, der viser AOH, indikerer fund af potentiel klinisk betydning i forbindelse med to klasser af lidelser:
- Der, der involverer prægede genomiske regioner (som følge af uniparental disomi eller UPD) og
- Recessive lidelser (som følge af UPD eller identitet ved afstamning).
SNP-mikroarrayet kan give resultater, der er i overensstemmelse med konsanguinitet (dvs. at forældrene er nært beslægtede). Rådgivning før prøven bør tage dette spørgsmål op. Den nuværende platform er CytoScanHD-løsningen (fremstillet af Affymetrix). CytoScan HD er baseret på en uafhængig analyse af to typer molekylære markører: 1,7 millioner oligonukleotid-sonder og750 000 SNP-sonder. Oligo-sonderne dækker alle regioner, der vides at være involveret i cytogenetiske abnormiteter, herunder over 255 anerkendte genetiske syndromer, over 980 genregioner af funktionel betydning for den menneskelige udvikling, de pericentromeriske regioner og subtelomererne.
SNP-sonderne har en gennemsnitlig afstand på ~49 kb. Denne afstand muliggør påvisning af AOH med en effektiv opløsning på ca. 5-10 Mb på tværs af genomet.
Fluorescens in situ hybridisering (FISH) kan udføres til opfølgende testning, hvis det skønnes hensigtsmæssigt. Desuden kan det i nogle tilfælde være nødvendigt at teste forældrene for at klarlægge et fund af ukendt betydning.