Isabella blev født i Madrid den 10. oktober 1830 og var datter af Ferdinand 7. af Spanien og Maria Cristina af Napoli. Hendes onkel Don Carlos nægtede at anerkende hendes ret til tronen, og efter Ferdinands død i slutningen af 1833 udbrød en bitter borgerkrig mellem de konservative elementer, der støttede Don Carlos, og de liberale grupper, der støttede den unge prinsesse og hendes mor, dronning regenten. Carlisterne blev besejret i 1839, men året efter tvang Baldomero Espartero, en liberal og den mest magtfulde general i landet, Maria Cristina til at forlade Spanien. Isabella blev tilbage.

Tre år senere væltede de konservative Espartero og hans liberale tilhængere og fik den 8. november 1843 den 13-årige Isabella erklæret myndig og kronet til dronning. Isabellas uddannelse havde været sparsom; hun kunne knap nok læse og var efter alt at dømme relativt uvidende. Men hun var yderst attraktiv og yderst charmerende. Mellem 1843 og 1868 regerede Isabella, men hun regerede ikke. I det meste af denne periode blev Spanien regeret af en koalition af civile konservative og hærgeneraler.

Den 10. oktober 1846 giftede Isabella sig med sin fætter Francisco de Asis. Hun var nu en attraktiv 16-årig pige, som var generøs, venlig, glad for at danse og forelsket, og den sky og feminine Francisco var en stor skuffelse for hende. Dagen efter brylluppet flyttede han ud af dronningens kvarter, og hendes første elsker, den smukke general Serrano, flyttede ind. Han skulle blive den første af mange, indtil hendes aktive sexliv (eller hvad en engelsk observatør kaldte hendes “frygtelige konstitutionelle sygdom”) var hele Europas samtaleemne. Alligevel betragtede hun sig selv som en troende katolik og var meget under indflydelse af de overtroiske og ofte fanatiske nonner og munke, der omgav hende ved hoffet.

Isabellas skandaløse privatliv, hendes antiliberalisme og Spaniens økonomiske krise i 1866 førte til en folkelig revolution i september 1868. Isabella flygtede til Frankrig, og den 25. juni 1870 abdicerede hun til fordel for sin søn Alfonso XII. Han blev kronet til konge af Spanien i begyndelsen af 1875, efter at den republik, der var blevet oprettet i 1873, var blevet afskaffet.

I sit eksil bevarede Isabella sin glæde ved mænd og sin forkærlighed for dans. Spaniens nederlag i 1898 synes dog at have knust hendes ånd; efter dette år begyndte hendes helbred at svigte, og den 19. april 1904 døde hun i sit hjem i Paris.