Standardproceduren udføres i tre faser:

1. Isolering af det virale RNA fra svaberprøver fra næse eller hals.
2. Omdannelse af RNA-sekvensen til en tilsvarende DNA-sekvens (omvendt transskription).
3. Amplificering af antallet af kopier af DNA’et mange milliarder gange til en mængde, der kan påvises – dette sidste trin er en qPCR (kvantitativ polymerasekædereaktion).

Det første trin er en kemisk ekstraktion, der ofte er automatiseret. De følgende to trin udføres i et andet instrument, der kaldes en PCR-maskine. qPCR’ens specificitet (dvs. dens evne til kun at amplificere det virale genetiske materiale) afhænger af de primere, der anvendes. Disse primere er omhyggeligt udvalgt til at amplificere et segment af det specifikke virale genom og ikke DNA fra værten eller andre patogener, der måtte være på afstrygningen. Denne procedure tager flere timer, og der er ingen måde, hvorpå dette kan reduceres uden at kompromittere testens følsomhed.

Der er nu blevet udviklet en række nye assays med det formål at reducere den tid, det tager at teste for virus, og/eller at øge antallet af test, der kan udføres med de tilgængelige instrumenter. En måde at reducere tidsforbruget på er at kombinere testens trin eller at fjerne behovet for separat isolering af det virale RNA. En anden måde at reducere tiden på er at reducere antallet af amplifikationstrin, men det gør testen mindre følsom.

En anden interessant udvikling er brugen af “Isothermal loop-mediated amplification (LAMP)”. I en normal PCR-reaktion skal prøverne opvarmes, holdes ved en høj temperatur, afkøles og derefter hæves til en mellemliggende temperatur. Denne cyklus skal gentages 30-40 gange, og det tager tid. I LAMP-teknikken anvendes der en meget snedig molekylærbiologi, så reaktionen kan foregå ved én temperatur (isotermisk amplifikation). Dette gør det ikke blot unødvendigt med de lange temperaturcykliske trin, men det kan også udføres med enklere instrumenter. Ulempen er, at de nødvendige reagenser er mere komplekse, og at teknikken i øjeblikket er mindre nøjagtig/følsom end standard qPCR. Ikke desto mindre er det at kunne reducere testtiden til mindre end 1 time en stor fordel i visse situationer.

Endeligt kan man overveje de sociale aspekter af testning. Det er meget lettere for folk at levere deres egne næsesvaberprøver eller en spytprøve til testning, men sådanne prøver er sandsynligvis mere udsat for variabilitet, og spytprøver indeholder generelt mindre virus til testning. Det betyder, at der er behov for en højere følsomhed. Du kan se, at der er en afvejning mellem hastighed, nøjagtighed og bekvemmelighed i de forskellige test. Forskellige parametre er vigtigere for hver gruppe af mennesker. F.eks. kan en hurtig test være af største betydning i en lufthavn, mens højeste nøjagtighed vil være vigtigere på et hospital.

Detektion af antistoffer

Det er vigtigt at huske, at der hos ethvert individ er et tidspunkt, hvor virus kan påvises, men hvor der endnu ikke er produceret antistoffer, og en senere periode, hvor virus er blevet elimineret, men de antivirale antistoffer er tilbage.

Og selv om der er mange elementer i immunresponset, er påvisning af virusspecifikke antistoffer den eneste rimelige måde at afgøre, om der har fundet et respons sted. Testning af antistoffer kan relativt let anvendes på et stort antal patienter. Antistoffer forekommer i blodet, efterhånden som en person kommer sig efter en infektion. De kan også forekomme i sekreter som f.eks. spyt og tårer, men det er vanskeligere at påvise dem i sekreter, og de kan være mindre pålidelige. Af denne grund påvises antistoffer i blodet (serum; den flydende del af blodet) ved hjælp af analyserne. Den mest almindeligt anvendte diagnostiske test for antistoffer er en ELISA-test (Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay). Som nævnt ovenfor er antistoffer mod spikeproteinet mest relevante for beskyttelse mod coronavirusinfektion, men antistoffer, der genkender andre virale proteiner (se figur 2), kan anvendes til at fastslå, om en person tidligere har været inficeret med virusset. Hver ELISA kan kvantificere niveauet af antistoffer mod ét viralt protein. Hvis der f.eks. skal påvises antistoffer mod spikeproteinet, skal selve spikeproteinet anvendes som detektionselement i ELISA’en. En ELISA tager typisk ~2 timer at udføre, men dette kan forkortes uden at det i høj grad går ud over testens følsomhed.

Der er nu mange virksomheder, der forsøger at udvikle et lateral flow-apparat (svarende til en graviditetstest i hjemmet). Sådanne test kan give et positivt eller negativt resultat med hensyn til, om der er et antistof, der genkender SARS-CoV-2, til stede i testvæsken (f.eks. blod, der er udtaget ved et fingerprik), og de kan udføres på mindre end 30 minutter. I dette tilfælde vil testen påvise antistoffer mod et SARS-CoV-2-antigen, men i modsætning til ELISA er testen ikke kvantitativ. Test af denne type er blevet valideret for andre vira, men de anvendes normalt kun i laboratorier. Det vides endnu ikke, om det er muligt at udvikle en test for SARS-CoV-2 med tilstrækkelig nøjagtighed (september 2020). Hvis du vil læse mere om dette og se en kort animation, der illustrerer, hvordan en lateral flow-enhed fungerer, kan du læse denne artikel fra The Conversation .

Det er vigtigt at huske, at der hos ethvert individ er et tidspunkt, hvor virus kan påvises, men hvor der endnu ikke er produceret antistoffer, og et senere tidsrum, hvor virus er blevet elimineret, men de antivirale antistoffer er tilbage (figur 4). Der er et begrænset tidsvindue derimellem, hvor både virus og antistoffer kan påvises. Det er vigtigt, at nøjagtigheden af enhver test er meget høj, da falsk-positive resultater kan have alvorlige konsekvenser for den enkelte; de ville tro, at de var immune over for SARS-CoV-2, når de ikke var det.

Denne artikel blev opdateret den 25/09/20 for at afspejle den nye udvikling.