Diagnosticeret kan klamydia let behandles og helbredes som beskrevet ovenfor. Klamydia er en alvorlig sundhedstrussel, især for kvinder. Ubehandlet kan klamydia forårsage alvorlige og dyre reproduktive og andre sundhedsproblemer, som omfatter både kort- og langsigtede konsekvenser, herunder bækkenbetændelse (PID), som er den afgørende forbindelse til infertilitet, og potentielt dødelig graviditet i æggelederne. PID kan give ar og blokere æggelederne. Det kan gøre en kvinde steril og ude af stand til at blive gravid. Befrugtede æg kan ikke nå frem til livmoderen, fordi æggelederne er blokeret. Hvis de udvikler sig i rørene, kaldes dette en graviditet uden for livmoderen eller en graviditet i æggelederne. En kvinde kan dø, hvis en graviditet udvikler sig uden for livmoderen. Hun har normalt brug for en akut operation. Kvinder med PID i æggelederne har 7-10 gange større risiko end andre kvinder for at få graviditeter uden for livmoderen.

Chlamydia kan også gøre mænd sterile. Den kan sprede sig fra urinrøret til testiklerne. Så kan det resultere i en tilstand, der kaldes epididymitis. Epidididymitis kan medføre sterilitet. Symptomerne omfatter feber samt hævelse og en varierende grad af smerte i pungen.

Chlamydia kan også resultere i negative resultater af graviditeten, herunder neonatal konjunktivitis (øjeninfektioner hos nyfødte) og lungebetændelse. Desuden har nyere forskning vist, at kvinder, der er smittet med klamydia, har en 3 – 5 gange øget risiko for at få HIV, hvis de udsættes.