Uganda trpí od získání nezávislosti v roce 1962 občasnými konflikty. V roce 1967 svrhl první premiér Dr. Milton Obote prvního prezidenta země sira Edwarda Mutesu II. a vyhlásil Ugandu republikou. Následovalo několik vojenských převratů a násilných režimů – včetně režimu Idi Amina (1971-1979) – které od té doby vedly ke statisícům mrtvých a dlouhodobému utrpení Uganďanů. Po 55 letech od získání nezávislosti země dosud nedošlo k demokratickému předání moci z rukou jednoho vůdce druhému.

Poslední převrat v roce 1986 vynesl k moci současného prezidenta Yoweriho Museveniho. Jeho vláda čelí ozbrojené opozici různých skupin po celé zemi. Prostřednictvím hybridní diktatury a manipulace drží Museveni pevně v rukou plášť moci v zemi již 31 let a dále.
Od 90. let 20. století se Uganda účastnila několika občanských válek, z nichž nejvleklejší byla 20 let trvající válka proti Armádě božího odporu (LRA) Josepha Konyho, jejímž cílem bylo vytvořit stát založený na Desateru. LRA se nechvalně proslavila únosem 60 000 dětí, které sloužily jako dětští vojáci a sexuální otroci.

Po mírových jednáních v Džubě v letech 2006-2008 nastalo období stability, ale násilí se brzy obnovilo po neúspěšné vojenské ofenzívě s cílem zlikvidovat LRA v jejich úkrytech v Garambě, což vedlo k jejím současným vpádům do Středoafrické republiky a některých částí Demokratické republiky Kongo.

V roce 2005 bylo pět nejvyšších vůdců LRA obviněno z válečných zločinů a zločinů proti lidskosti. Od roku 2017 stojí před Mezinárodním trestním soudem pouze jeden nižší velitel, Dominic Ongwen. Kony však zůstává na svobodě. Regionální operační skupina Africké unie podporovaná Spojenými státy zatlačila tuto skupinu zpět a v květnu 2017 oznámila ukončení své mise. Někteří analytici však tvrdí, že aktivní odštěpenci ve Středoafrické republice poukazují na možnost obnovení činnosti.

Přes dřívější závazky v oblasti demokracie a lidských práv Museveni rovněž zrušil omezení svého funkčního období. Jeho několikanásobné znovuzvolení bylo poznamenáno obviněními z volebních podvodů a násilí. V roce 2016 byli jeho protikandidát Dr. Kizza Besigye a jeho příznivci násilně pronásledováni bezpečnostními složkami, které jednaly zdánlivě beztrestně. Od září 2017 se Museveni pustil v parlamentu do razantní změny čl. 102 písm. b) ústavy, aby zrušil omezení funkčního období ugandského prezidenta a otevřel cestu k doživotnímu výkonu funkce.

Do Ugandy také uprchl jeden milion súdánských uprchlíků před občanskou válkou, což vytváří další tlak na ugandský stát a společnost.