I přes nedostatek srážek je přirozená vegetace Egypta pestrá. Velká část Západní pouště je zcela bez jakéhokoli rostlinného života, ale tam, kde je nějaká forma vody, se vyskytuje obvyklý pouštní porost trvalek a travin; pobřežní pás má na jaře bohatý rostlinný život. Východní poušť dostává málo srážek, ale roste zde pestrá vegetace, která zahrnuje tamaryšky, akácie a markh (bezlistý strom bez trnů s holými větvemi a štíhlými větvičkami), stejně jako velké množství trnitých keřů, malých sukulentů a aromatických bylin. Tento porost je ještě nápadnější ve vádí v pahorkatinách Rudého moře a na Sinaji a v pohoří ʿIlba (Elba) na jihovýchodě.

Nil a zavlažovací kanály a příkopy podporují výskyt mnoha druhů vodních rostlin; v odvodňovacích kanálech v deltě se vyskytuje starověký lotos. Roste zde více než 100 druhů trav, mezi nimi bambus a esparto (ḥalfāʾ), hrubá, dlouhá tráva rostoucí v blízkosti vody. Robustní vytrvalé rákosiny, jako je rákos španělský a rákos obecný, jsou v Dolním Egyptě široce rozšířeny, ale papyrus, pěstovaný ve starověku, se dnes vyskytuje pouze v botanických zahradách.

Datlová palma, pěstovaná i subspontánní, se vyskytuje v celé deltě, v údolí Nilu a v oázách. Palma doumská (Hyphaene thebaica; africká vějířovitá palma) je ztotožňována zejména s Horním Egyptem (jižní část nilského údolí) a oázami, i když se roztroušeně vyskytuje i jinde.

Původních stromů je velmi málo. Jediným původním jehličnanem je fénický jalovec, i když existuje několik pěstovaných druhů jehličnanů. Akát je hojně rozšířen, stejně jako eukalyptus a platan. Několik druhů rodu Casuarina (řád hovězího dřeva), dovezených v 19. století, je dnes nejdůležitější dřevinou v zemi. Charakteristickým prvkem egyptské krajiny se staly i další cizokrajné importy, například jacaranda, poinciana královská (strom s oranžovými nebo šarlatovými květy) a lebbek (Albizia lebbek; bobovitý strom).

Domácí zvířata zahrnují buvoly, velbloudy, osly, ovce a kozy, z nichž poslední jsou na egyptském venkově obzvláště nápadné. Zvířata, která se tak výrazně objevují na staroegyptských vlysech – hippopotamové, žirafy a pštrosi – se v Egyptě již nevyskytují; krokodýli se vyskytují pouze jižně od Aswanské vysoké přehrady. Největším divokým zvířetem je aoudad (druh ovce vousaté), který přežívá v jižních výběžcích Západní pouště. Dalšími pouštními zvířaty jsou gazela dorkas, fenek (malá liška žijící v poušti), kozorožec núbijský, zajíc egyptský a dva druhy jerboa (myšovitý hlodavec s dlouhýma zadníma nohama pro skákání). Dodnes se vyskytuje šakal egyptský (Canis lupaster) a v sinajských horách hyrax. Žijí zde dva masožraví savci: kočka kafrská, malá kočkovitá šelma, a ichneumon neboli egyptská mangusta. Vyskytuje se zde několik druhů ještěrů, včetně velkého monitora. Mezi jedovaté hady patří více druhů zmijí; zmije skvrnitá se vyskytuje v celém údolí Nilu a kobra egyptská (Naje haje) v zemědělských oblastech. V pouštních oblastech se běžně vyskytují štíři. Žije zde mnoho druhů hlodavců. Vyskytuje se zde mnoho druhů hmyzu, včetně sarančat.

Egypt je bohatý na ptactvo. Mnoho ptáků tudy ve velkém počtu prolétá na své jarní a podzimní migraci; celkem je zde k vidění více než 200 druhů stěhovavých ptáků a více než 150 druhů ptáků stálých. Známým obyvatelem je vrána kapucínská a v údolí Nilu a v Al-Fajjúmu je charakteristický luňák černý. Mezi dravé ptáky patří sokol stěhovavý a poštolka obecná. Ve Východní poušti a na Sinajském poloostrově žijí lamželezoři a orli skalní. Ibis posvátný (dlouhokřídlý brodivý pták spojovaný se starým Egyptem) se již nevyskytuje, ale v údolí Nilu a v Al-Fajjúmu se objevuje volavka bílá a volavka popelavá, stejně jako dudek chocholatý (pták se vztyčeným vějířovitým hřbetem). Samostatnou kategorií jsou stálí pouštní ptáci, kterých je asi 24 druhů.

V Nilu žije asi 190 druhů ryb, z nichž nejběžnější je bulṭī (Tilapia nilotica; ryba s hrubou šupinou a ostnatými ploutvemi) a nilský okoun. V jezerech na pobřeží delty se vyskytuje především būrī (parma šedá). Jezero Qārūn v guvernorátu Al-Fayyūm (muḥāfaẓah) bylo zarybněno būrī a jezero Nasser bulṭī, které v jeho vodách dorůstají velmi velkých rozměrů.

.