T buněčná větev imunitního systému může reagovat na prakticky nekonečné množství exogenních antigenů, což zahrnuje možnost rozpoznání vlastního antigenu a nebezpečných autoimunitních reakcí. Regulační mechanismy proto fungují jak během ontogeneze v thymu, tak po narození v periferii. Kontrola sebe-reaktivních T-buněk probíhá prostřednictvím procesu negativní selekce, který vede k apoptóze T-buněk vykazujících vysokou afinitu k sebe-peptidům exprimovaným na úrovni thymu prostřednictvím promiskuitní genové exprese. Sebereaktivní T buňky uniklé negativní selekci jsou na periferii kontrolovány jinými regulačními mechanismy, z nichž nejdůležitější jsou přirozené Foxp3+ T regulační buňky (Treg). Regulace je nutná také pro kontrolu nadměrné odpovědi efektorových T buněk proti exogenním antigenům, když se stanou pro organismus nebezpečnými. Byly rozpoznány tři typy efektorových T buněk: Th1 (T helper 1), které chrání před intracelulárními bakteriemi; Th2, které hrají určitou roli v ochraně před hlísticemi, ale jsou zodpovědné za alergické reakce; Th17, které jsou pravděpodobně účinné v ochraně před extracelulárními bakteriemi, ale také hrají roli při zesílení autoimunitních poruch. Abnormální nebo nadměrné Th efektorové odpovědi jsou regulovány různými mechanismy. Přesměrování nebo imunitní odklon reakcí s převahou Th1 nebo Th2 zajišťují cytokiny produkované stejnými typy buněk a chemokiny CXCL4 a CXCL10 vázající CXCR3. Kromě toho mohou být reakce Th1 i Th2 potlačeny adaptivními buňkami Treg prostřednictvím mechanismů závislých na kontaktu a/nebo produkci IL-10 a transformujícího růstového faktoru beta (TGF-beta). A konečně TGF-beta1 může podporovat vývoj jak efektorových buněk Th17, tak adaptivních buněk Treg, zatímco současná produkce IL-6 přispívá k rozvoji buněk Th17, ale inhibuje buňky Treg. Vývoj buněk Th17 je také snižován IL-4 produkovaným buňkami Th2 a IFN-gama produkovaným buňkami Th1.