Pokud jsou chlamydie diagnostikovány, lze je snadno léčit a vyléčit, jak je popsáno výše. Chlamydie představují vážnou zdravotní hrozbu, zejména pro ženy. Neléčené chlamydie mohou způsobit závažné a nákladné reprodukční a jiné zdravotní problémy, které zahrnují krátkodobé i dlouhodobé následky, včetně pánevního zánětlivého onemocnění (PID), které je rozhodujícím článkem neplodnosti, a potenciálně fatálního těhotenství v důsledku vejcovodů. PID může zjizvit a zablokovat vejcovody. To může způsobit, že žena bude neplodná a nebude moci otěhotnět. Oplodněná vajíčka se kvůli zablokovaným vejcovodům nemusí dostat do dělohy. Pokud se vyvinou ve vejcovodech, jedná se o tzv. mimoděložní těhotenství nebo tubární těhotenství. Pokud se těhotenství vyvine mimo dělohu, může žena zemřít. Obvykle potřebuje urgentní operaci. U žen s PID vejcovodů je 7-10krát vyšší pravděpodobnost mimoděložního těhotenství než u ostatních žen.

Chlamydie mohou způsobit neplodnost i u mužů. Může se šířit z močové trubice do varlat. Pak může vyústit ve stav zvaný epididymitida. Epididymitida může způsobit sterilitu. Mezi příznaky patří horečka a také otok a různý stupeň bolesti šourku.

Chlamydie mohou také způsobit nepříznivé výsledky těhotenství, včetně neonatální konjunktivitidy (infekce očí novorozenců) a zápalu plic. Nedávný výzkum navíc ukázal, že ženy infikované chlamydiemi mají 3-5krát vyšší riziko, že se nakazí virem HIV, pokud jsou mu vystaveny.