Testy amplifikace nukleových kyselin & Jejich účinnost

Konvenční diagnostické testy, jako je kultivace a enzymová imunoanalýza, které se dříve používaly k detekci chlamydií, nebyly dostatečně citlivé, vyžadovaly životaschopné organismy, sterilní vybavení, náročné podmínky transportu a invazivní odběr vzorků, včetně vyšetření pomocí spekul u žen a stěrů z močové trubice u mužů, což vyžadovalo vyškoleného zdravotníka a klinické prostředí s vyšetřovnou. S příchodem technologií amplifikačních testů nukleových kyselin (NAAT) pro testování chlamydií máme nyní přístup k citlivějším testům, které mohou obecně umožnit použití vzorků odebraných vlastními silami z materiálu odebraného dále od původního místa infekce (např. moč u infekce děložního čípku), které mohou následně obsahovat méně organismů než ve stěrech odebraných lékařem. Kromě toho jsou podmínky transportu méně kritické pro výkonnost testu, což znamená, že tyto vzorky lze odebírat mimo tradiční klinické prostředí a v některých případech je lze dokonce zaslat do diagnostické laboratoře poštou.

Přestože nástup testů NAAT způsobil revoluci v testování chlamydií, existuje řada faktorů, které je třeba vzít v úvahu při interpretaci výsledků studie nebo výběru testu k použití. Patří sem pochopení toho, jak byl test původně hodnocen pro použití, uvědomění si, co znamená pozitivní nebo negativní výsledek a jak je spolehlivý, a ocenění toho, jak se může výkonnost testu lišit u jiných skupin populace.

Jak byl test hodnocen pro použití?

Senzitivita a specificita jsou dvě klíčové statistiky používané pro hodnocení výkonnosti screeningového testu ve srovnání se zlatou standardní metodou. Citlivost je pravděpodobnost, že diagnostický test bude pozitivní za předpokladu, že skutečná diagnóza je pozitivní, a specificita je pravděpodobnost, že diagnostický test bude negativní za předpokladu, že skutečná diagnóza je negativní. Nejlepší screeningové testy mají vysokou citlivost a vysokou specificitu. Nízká citlivost vede k vysokým falešně negativním výsledkům a nízká specificita k vysokým falešně pozitivním výsledkům. Byly vyjádřeny obavy ohledně platnosti publikovaných hodnot citlivosti a specifičnosti NAAT pro chlamydie, protože v současné době neexistuje žádný zlatý standard testu. Tradičně slouží jako zlatý standard kultivace chlamydií, o níž se předpokládá, že má téměř 100% specificitu; ve srovnání s NAAT se však ukázalo, že kultivace má mnohem nižší citlivost, protože detekuje pouze živé organismy. V důsledku toho může odhad citlivosti a specifičnosti nového testu porovnáním jeho účinnosti s kultivací vést ke zkresleným odhadům citlivosti a specifičnosti nového testu. Ve snaze minimalizovat toto zkreslení byl původně navržen přístup diskrepantní analýzy pro hodnocení NAAT na chlamydie provedením dalšího NAAT na vzorku k posouzení „skutečných“ výsledků. Pokud byl tento další test pozitivní, byl pozitivní výsledek považován za skutečně pozitivní. Byly vyjádřeny obavy, protože tato metoda může vést k nadhodnocení citlivosti a specifičnosti; její používání však ustoupilo. Místo ní byl navržen jiný přístup k odhadu, algoritmus stavu nakaženého pacienta (PISA). Bylo navrženo několik verzí PISA, ale v podstatě PISA zahrnuje použití více testů k definování „zlatého standardu“ a s ním se pak porovnává citlivost a specifičnost nového testu. Bylo však prokázáno, že PISA může také vést ke zkresleným odhadům parametrů výkonnosti testů. V řadě simulovaných scénářů, které provedli Hadgu a jeho kolegové, žádný z 95% CI pro odhady citlivosti a prevalence založené na metodě PISA neobsahoval skutečné hodnoty. Kromě toho se odhady citlivosti a specifičnosti založené na PISA výrazně mění s tím, jak se mění skutečná prevalence. Jako alternativa pro hodnocení výkonnosti testů byly navrženy pokročilejší techniky statistického modelování, například modelování latentních tříd. Zatímco PISA je schválena americkým úřadem FDA pro hodnocení diagnostických testů na chlamydie, pro hodnocení testů se nyní používá jak PISA, tak modelování latentní třídy.

Jak spolehlivý je pozitivní výsledek?“

Prvotní význam má reprodukovatelnost NAAT, míra, do jaké zůstávají výsledky testu konzistentní při opakovaných testech stejného vzorku za stejných podmínek diagnostického nebo screeningového testu. S reprodukovatelností NAAT byly v minulosti značné problémy. Přibližně před deseti lety se u ligázové řetězové reakce společnosti Abbott Laboratories (IL, USA) vyskytly značně medializované problémy, které nakonec vedly ke stažení testu z trhu. V přehledu reprodukovatelnosti chlamydiových NAAT Hadgu et al. zjistili, že u studií používajících PCR bylo potvrzeno 37,5 až 96,7 % pozitivních výsledků a u amplifikace s posunem řetězce (SDA) bylo potvrzeno 79,3 až 93,7 % pozitivních výsledků. Další studie Schachtera a jeho kolegů hodnotila reprodukovatelnost a zjistila, že 96,7 % pozitivních výsledků při použití PCR, 83,8 % při SDA a 97,7 % při TMA bylo potvrzeno. Hadgu a kol. poznamenali, že mnoho problémů s reprodukovatelností u NAAT se zřejmě vyskytuje u vzorků s nízkou pozitivitou, a proto někteří autoři doporučují opakované testování vzorků s nízkou pozitivitou jako prostředek ke snížení počtu potenciálně falešně pozitivních výsledků. Jiní považují tyto vzorky s nízkou pozitivitou za skutečně pozitivní a nepovažují opakované testování za nutné, protože tvrdí, že „neopakování pozitivního testu neznamená, že původní výsledek testu byl falešně pozitivní“. Nicméně vzhledem k potenciálnímu dopadu pozitivního testu na chlamydie na jedince a potenciálnímu dopadu, který může mít pozitivní diagnóza na vztahy, by měly být pozitivní výsledky interpretovány s ohledem na sexuální anamnézu a klinický obraz jedince a v případě pochybností by mělo být zváženo opakování testu.

Při interpretaci pozitivního výsledku je třeba mít rovněž na paměti, že NAAT nevyžadují životaschopné organismy. NAAT mají vynikající analytickou citlivost, protože mohou potenciálně vytvořit pozitivní signál již z jediné kopie cílové DNA nebo RNA v reakci. Tato vysoká citlivost však může způsobit problémy, protože ačkoli pozitivní výsledek NAAT může odrážet klinickou infekci, test může také amplifikovat mrtvé organismy nebo může být pozitivní v důsledku povrchové kontaminace (včetně kontaminace nádoby v případě vzorků odebraných vlastním odběrem), a tudíž vést k falešně pozitivní diagnóze. Následně je důležité, aby jedinec nebyl znovu testován příliš rychle po léčbě infekce. Studie zkoumaly dynamiku odstraňování DNA nebo RNA chlamydií po léčbě chlamydiové infekce. Jedna studie na 115 ženách s diagnózou chlamydií zjistila, že 7 a 14 dní po léčbě mělo 54, resp. 21 % žen stále detekovatelnou rRNA ve vlastnoručně odebraných vaginálních stěrech. Jiná nedávná studie prospektivně sledovala 59 léčených cervikálních a/nebo rektálních infekcí u 52 žen a mužů a systematicky hodnotila přítomnost chlamydiové plazmidové DNA a rRNA pomocí vícenásobných časových sekvenčních měření po dobu 8 týdnů. Tato studie zjistila, že vysoký podíl (42 %) chlamydiových infekcí byl pozitivní alespoň u jednoho ze vzorků odebraných po 3 týdnech a časté intermitentní pozitivní výsledky na chlamydie v průběhu času. Ačkoli v žádné z těchto studií nelze vyloučit možnost nové infekce, jejich výsledky naznačují, že příliš brzké opakování testů po léčbě může vést k falešně pozitivní diagnóze. Současné pokyny CDC pro léčbu pohlavně přenosných chorob nedoporučují provádět test na vyléčení 3-4 týdny po léčbě a nyní doporučují, aby netěhotné ženy a muži s diagnózou chlamydií byli znovu testováni 3 měsíce po pozitivní diagnóze.

Jak spolehlivý je negativní výsledek?

Falešně negativní výsledky způsobené mutacemi v cílovém genu komerčních testů jsou dalším problémem, který může ovlivnit výkonnost testu, a zdůrazňují důležitost pokračujícího sledování, aby se zajistilo, že jakýkoli pokles počtu diagnostikovaných chlamydií není způsoben zavedením mutací v kmenech, které v současné době cirkulují v populaci. Příkladem je varianta chlamydií identifikovaná ve Švédsku v roce 2006 s delecí 377 párů bází v kryptickém plazmidu. Toto zjištění přišlo po nečekaném 25% poklesu počtu chlamydiových infekcí mezi listopadem 2005 a srpnem 2006 v kraji Halland na jihozápadě Švédska. To mělo důležité důsledky pro diagnostiku chlamydiových infekcí vzhledem k tomu, že bylo ovlivněno několik komerčně dostupných testů na chlamydie.

Změní se výkonnost testu u různých skupin populace?“

Další důležitou statistikou používanou k popisu výkonnosti diagnostického testu je pozitivní prediktivní hodnota (PPV). PPV je podíl osob, u kterých je test pozitivní a které skutečně onemocněly. Souvisí s prevalencí onemocnění v populaci a s rostoucí prevalencí se zvyšuje PPV testu. Při nízké prevalenci se PPV snižuje a podíl falešně pozitivních výsledků testu se zvyšuje. Obrázek 2 níže ukazuje souvislost mezi PPV a prevalencí pro NAAT s 90% citlivostí a různými úrovněmi specificity. Stojí za povšimnutí, že při nízkých odhadech prevalence dochází ke strmému poklesu PPV, což znamená vysoký podíl falešně pozitivních diagnóz. Tento obrázek ukazuje, že při 4% prevalenci a 97% specificitě je PPV přibližně 50%, což znamená, že polovina pozitivních výsledků testu NAAT bude představovat falešně pozitivní výsledky, zatímco při 99,5% specificitě klesá podíl falešně pozitivních testů na 12%.

Falešně pozitivní výsledky testu na chlamydie mají významné důsledky pro veřejné zdraví. Zaprvé, falešně pozitivní diagnóza může mít značnou sociální a psychologickou újmu pro jedince i jeho vztah, což je faktor, který by se neměl podceňovat. Zadruhé, odhady incidence a prevalence budou nadhodnoceny, což povede ke zkreslení výsledků sledování a výzkumu; to má rovněž důsledky pro analýzy nákladové efektivity. A konečně, falešně pozitivní výsledky nevyhnutelně povedou k nadměrné léčbě jedinců.

.