Po kubánské revoluci v roce 1959 Kuba omezila náboženské praktiky, což vedlo k pronásledování mnoha katolíků na univerzitách a pracovištích. Vláda ve své ústavě uznává právo občanů vyznávat a praktikovat jakoukoli náboženskou víru v rámci dodržování zákonů, v praxi však náboženskou svobodu omezuje.

Studie se údajně pokoušejí spojit afrokubánská náboženství s duševními chorobami.Kampaň za vymýcení rasové diskriminace na Kubě byla (a je) využívána jako důvod k zákazu zakládání afrokubánských institucí, protože to bylo označeno za rasový rozkol.

Sedmdesátá léta byla neklidná a mnoho věřících se v reakci na státní perzekuci rozhodlo skrýt svou víru. Mnozí rodiče nechtěli své děti zatěžovat těžkostmi, které by zdědily, kdyby byly pokřtěny jako křesťané, a proto je tak nevychovávali. V roce 1971 hlásila havanská arcidiecéze pouhých 7000 křtů. V roce 1989 se toto číslo zvýšilo na 27 609 a v roce 1991 na 33 569 křtů.

V roce 1985 vydala Státní rada v Havaně bestseller s názvem Fidel a náboženství, který byl zkráceným přepisem 23 hodin rozhovorů mezi Fidelem Castrem a brazilským mnichem teologie osvobození jménem Frei Betto, který se mimo publikaci přihlásil k odpovědnosti za vyloučení neateistů z členství v komunistické straně s odůvodněním, že:

To, co jsme požadovali, bylo plné dodržování marxismu-leninismu… Každý, kdo vstoupil do strany, měl ve všech ohledech přijmout její politiku a doktrínu.

V následujících letech a po rozpadu Sovětského svazu zaujal stát smířlivější postoj k náboženství a méně propagoval ateismus. V listopadu 1991 začala komunistická strana přijímat věřící do svých řad. V červenci 1992 byla ústava změněna tak, že byla odstraněna definice Kuby jako státu založeného na marxismu-leninismu, a byl přidán článek 42 zakazující diskriminaci na základě náboženského přesvědčení.

Na počátku 90. let se však kubánská společnost po třech desetiletích státního ateismu téměř zcela sekularizovala. Týdenní návštěvnost kostela na jedenáctimilionovém ostrově se odhaduje na přibližně 250 000 osob, což představuje asi 2 % obyvatel (s rovnoměrným rozdělením mezi katolíky a protestanty).Na Kubě bylo v přepočtu na obyvatele méně kněží než v kterékoli jiné latinskoamerické zemi.

Od roku 1998 se omezení zmírnila a zmírnilo se i napadání práva na víru ze strany státních institucí, ačkoli církev stále čelí omezením v oblasti písemné a elektronické komunikace a může přijímat dary pouze ze státem schválených finančních zdrojů. Katolickou církev tvoří Katolická biskupská konference Kuby (COCC), v jejímž čele stojí Jaime Lucas Ortega y Alamino, havanský arcibiskup kardinál. Má jedenáct diecézí, 56 řádů jeptišek a 24 řádů kněží.

Kubánská biskupská konference velmi kritizuje americké embargo vůči Kubě a tvrdí, že jím trpí všichni obyvatelé. To ovlivnilo Konferenci katolických biskupů Spojených států amerických, která prosazovala, aby byly z embarga vyňaty potraviny a léky.

V lednu 1998 uskutečnil papež Jan Pavel II. na pozvání kubánské vlády a katolické církve historickou návštěvu ostrova. Během své návštěvy kritizoval americkou blokádu.

20. října 2008 byl za účasti Raúla Castra slavnostně otevřen první pravoslavný kostel na Kubě.

.