Lebky několika podtříd a řádů se liší níže uvedenými způsoby. Kromě rozdílů v otvorech na boku lebky a v celkovém tvaru a velikosti jsou nejvýznamnějšími rozdíly v lebkách plazů ty, které ovlivňují pohyby uvnitř lebky.

Jako skupina se lebky plazů liší od lebek raných obojživelníků. Plazům chybí otický zářez (zářez v zadní části lebky) a několik malých kostí v zadní části lebeční střechy. Lebky moderních plazů se také v mnoha ohledech ostře odlišují od lebek savců, ale nejzřetelnější rozdíly se vyskytují v dolní čelisti a přilehlých oblastech. Plazi mají v dolní čelisti řadu kostí, z nichž pouze jedna, zubní, nese zuby. Za zubní kostí se nachází malá kloubní kost, která tvoří kloub se čtyřhrannou kostí v zadní části lebky. Naproti tomu spodní čelist savců je tvořena jedinou kostí, zubní kostí; kloubní a čtyřhranná kost se staly součástí řetězce malých kostí ve středním uchu. Téměř úplný přechod mezi těmito dvěma velmi odlišnými uspořádáními je znám z fosilií raných synapsidů (řád Therapsida).

Zuby většiny plazů vykazují malou specializaci v dané řadě zubů. Chrup, který dělí skupiny zubů na výrazné čepelovité řezáky, špičáky podobné tesákům a stoličky s plochou korunkou, se vyskytuje u savců, ale u plazů se nevyskytuje. Místo toho je celá zubní řada obvykle tvořena dlouhými kuželovitými zuby. Jedovatí hadi mají jeden nebo několik dutých nebo rýhovaných špičáků, které však mají stejný tvar jako zuby většiny hadů. Hlavní rozdíly mezi jednotlivými druhy spočívají v počtu, délce a umístění zubů. Krokodýli mezi žijícími formami a dinosauři mezi vymřelými formami mají pouze jednu horní a jednu dolní řadu zubů. Hadi a mnoho vyhynulých skupin plazů mají zuby na patrových kostech (vomer, palatin, pterygoid) a na kostech horní čelisti (premaxilla, maxilla). Na dolní čelisti je však přítomna pouze jedna řada zubů.

Plazi mají kuželovité nebo čepelovité dvou- či trojkloubové zuby. Některé druhy mají kuželovité zuby v přední části čelistí a cuspidální zuby směrem dozadu, ty však nejsou tvarem ani funkcí srovnatelné se stoličkami savců. (Nemají ploché korunky ani neslouží k rozmělňování potravy.) Želvy, s výjimkou nejstarších vyhynulých druhů, zuby nemají. Místo toho mají horní a dolní rohovité destičky, které slouží k ukusování kousků potravy.

Zuby plazů jsou také méně funkčně specializované než zuby savců. Větší masožraví plazi jsou vybaveni pouze k odtrhávání nebo ukusování velkých kusů kořisti a jejich polykání bez žvýkání. Hmyzožraví ještěři, kteří tvoří většinu všech ještěrů, obvykle rozlousknou exoskelet své hmyzí kořisti a pak kořist spolknou, aniž by ji rozmělnili. Hadi jednoduše polykají kořist vcelku bez jakéhokoli mechanického zmenšení, ačkoli bodné rány umožňují vstup trávicích enzymů do kořisti, které napomáhají trávení.

U mnoha plazů se vyvinuly klouby (kromě závěsu pro spodní čelist) uvnitř lebky, které umožňují mírný pohyb jedné části vůči ostatním. Schopnost takového pohybu uvnitř lebky, nazývaná kineze, umožňuje zvířeti zvětšit štěrbinu úst a je tak adaptací pro polykání velkých předmětů. Někteří velcí masožraví teropodní dinosauři (např. Allosaurus) měli zřejmě kloub mezi čelní a temenní kostí ve střeše lebky. Všichni plazi nadřádu Lepidosauria (ještěři, hadi a tuatary) mají kinetické lebky, ale od dinosaurů se liší tím, že kloub na spodině lebky se u lepidosaurů vyskytuje v místě spojení bazofenoidálních a pterygoidních kostí.

Lebky lepidosaurů se s vývojem nových skupin stávaly stále kinetičtějšími. Sphenodontia (mezi něž patří i žijící tuatara ) a jejich předchůdci, Rhynchocephalia, měli pouze bazofenoidálně-pterygoidální kloub. Ještěři ztratili spodní spánkovou příčku, čímž se uvolnila čtyřhranná kost a umožnila větší pohyb dolní čelisti, která je ke čtyřhranné kosti zavěšena. Konečně u hadů tento trend vrcholí v nejkinetičtější lebce mezi obratlovci. Lebky hadů mají prapůvodní základ fenoidálně-pterygoidální kloub, vysoce pohyblivou čtyřhrannou kost (která umožňuje ještě větší pohyblivost spodní čelisti) a horní čelisti schopné otáčet se kolem své podélné osy a pohybovat se dopředu i dozadu. Mnoho druhů hadů má také kloub na střeše lebky mezi nosní a čelní kostí, který umožňuje mírné zvednutí čenichu. Stručně řečeno, jedinou částí hadí lebky, která není schopna pohybu, je mozkovna.

.