Jihokarolínská vojenská akademie byla předchůdcem Citadely, která měla dva kampusy. Byla založena v roce 1842 zákonodárným sborem Jižní Karolíny.

Jižní Karolína vybudovala po celém státě řadu arzenálů po plánovaném povstání otroků Denmark Vesey v roce 1822; ty byly sloučeny do arzenálů v Columbii a Charlestonu. Nebyly již považovány za vojensky nezbytné, a tak se z nich v roce 1842 stala Jihokarolínská vojenská akademie, která se skládala z Arsenal Academy v Columbii a Citadel Academy v Charlestonu. Během občanské války studenti z obou sloužili jako prapor státních kadetů; výuka s přestávkami pokračovala. Kadeti SCMA vypálili první výstřely občanské války 9. ledna 1861 při obsluze děla na Morrisově ostrově v Jižní Karolíně, které ostřelovalo unijní parník Star of the West; prapor státních kadetů tvořil více než třetinu konfederačních sil, které bránily strategický železniční most v bitvě u Tulifinny v roce 1864, což byl jediný případ, kdy celý studentský sbor americké vysoké školy bojoval v boji.

Akademie Arsenal byla v roce 1865 vypálena vojsky Unie a nikdy nebyla znovu otevřena; jedinou zachovanou budovou se stalo sídlo guvernéra Jižní Karolíny. Akademie Citadela a Vojenská akademie Jižní Karolíny byla uzavřena v roce 1865; její budovy byly v rukou federálů až do roku 1882. Zákonem jihokarolínského zákonodárného sboru z roku 1882 byla znovu otevřena Jihokarolínská vojenská akademie, která využívala pouze areál v Charlestonu. Škola, běžně známá jako The Citadel Academy, byla v roce 1910 přejmenována na The Citadel poté, co se název „akademie“ začal používat spíše pro střední než vysoké školy.