Současná diagnóza nemoci šílených krav spočívá podle doktora Lawrence Broxmeyera pouze v detekci pozdně se objevujících prionů, což je zkratka pro hypotetické, bezgenové, chybně složené bílkoviny, o nichž se tvrdí, že nějakým způsobem způsobují tuto nemoc. Laboratorní preparáty prionů však obsahují i jiné látky, mezi něž mohou patřit neidentifikované bakterie nebo viry. Navíc samotná náročná purifikace prionů mohla sama o sobě zničit příčinný virus nebo bakterie. Proto i když se zdá, že vzorky infikují zvířata, není možné prokázat, že priony jsou příčinou a ne jen konečným výsledkem infekčního procesu.

Broxmeyer pokračuje: Manuelidis navíc našel částice podobné virům, které i po oddělení od prionů byly zodpovědné za spongiformní STE. Následně Lasmezassova studie ukázala, že 55 procent myší, kterým byla aplikována injekce BSE skotu a které onemocněly, nemělo detekovatelné priony. Přesto je neuvěřitelné, že se priony drží jako stávající dogma TSE a Heino Dringer, který provedl průkopnickou práci o jejich povaze, upřímně předpovídá, že se ukáže, že koncept prionů je chybný. Mnoho zvířat, která zemřou na spongiformní TSE, nikdy nevykazuje známky chybně složených proteinů a Dr. Frank Bastian z Tulane se domnívá, že poruchu způsobuje bakteriální DNA, kterou našel u této skupiny onemocnění.

Nedávno, dodává Broxmeyer, Roels a Walravens izolovali Mycobacterium bovis (bovinní tuberkulóza) z mozku krávy s klinickými a histopatologickými příznaky šílených krav. Epidemiologické mapy vzniku a vrcholu výskytu nemoci šílených krav ve Velké Británii, kde vše začalo, se navíc sugestivně shodují s mapami anglických oblastí s nejvyšším výskytem tuberkulózy skotu, tedy jihozápadu země. Neurotuberkulózní potenciál tuberkulózy krav byl prokázán v Anglii před rokem 1960, kde čtvrtina všech obětí tuberkulózní meningitidy trpěla infekcí Mycobacterium bovis od krav. A Harleysova studie prokázala patologii totožnou s šílenou krávou ze systémové M. bovis u skotu, která způsobovala tuberkulózní spongiformní encefalitidu.

K tomu všemu Broxmeyer říká, že priony byly popsány jako amyloid a v minulosti se amyloid obvykle ukládal v důsledku v průběhu chronického zánětlivého onemocnění, hlavně tuberkulózy, její obvyklé precipitující příčiny. M. bovis neboli tuberkulóza krav, tuberkulóza drůbeže nebo Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis způsobuje Johnesovu chorobu, problém známý a opomíjený u skotu a ovcí již téměř sto let, který se rychle stává nemocí nového tisíciletí. M. paratuberculosis byla nalezena nejen u Crohnsovy choroby u lidí, ale jak Crohnsova, tak Johnesova choroba zkříženě reagují s antigeny paratuberkulózy skotu. Navíc centrální neurologické projevy Crohnsovy choroby nejsou neznámé.

Broxmeyer dodává: Není známo žádné onemocnění, které by lépe odpovídalo tomu, co se vyskytuje u šílených krav a spongiformních enchefalopatií, než tuberkulóza skotu a její formy pronikající hematoencefalickou bariérou, podobné virům, s deficitem buněčné stěny. Z těchto důvodů je třeba zaměřit budoucí výzkum tímto směrem. Webb ve svém historickém přehledu z roku 1932 spekuluje, že člověk se s tuberkulózou poprvé seznámil, když začal domestikovat skot kolem roku 5000 př. n. l. Lze tedy předpokládat, že lidská tuberkulóza vznikla přenosem M. bovis, který má potenciál infikovat člověka, do lidského těla, kde se adaptoval jako tuberkulózní bacil. Garnier to však nedávno pomocí deleční analýzy zpochybnil a uvedl, že lidská M. tuberculosis vznikla jako první a infikovala krávy v době domestikace skotu před 10 000015 000 lety. V každém případě předtím tuberkulózní bacily, které se vždy rodily v půdě, nejprve napadly a poté infikovaly řadu savců, jak přežvýkavců, tak primátů. Moderní genetika ověřila, že DNA mezi lidskou (M. tuberculosis) a kravskou (M. bovis) tuberkulózou je téměř identická, což naznačuje, že se jedná prakticky o stejný druh. Dokonce i na kulturních destičkách je jejich vzhled podobný.

Kdysi nejrozšířenější infekční onemocnění skotu v USA, tuberkulóza skotu, způsobila na počátku tohoto století více ztrát mezi hospodářskými zvířaty v USA než všechna ostatní infekční onemocnění dohromady. A M. bovis stále způsobuje celosvětové roční ztráty v zemědělství ve výši 3 miliard dolarů. Von Behring ve svém projevu k udělení Nobelovy ceny v roce 1901 prohlásil: „Jak víte, tuberkulóza skotu je jednou z nejškodlivějších infekčních nemocí, které postihují zemědělství.“

Broxmeyer uzavírá: „Největší překážka pro nalezení léku na TSE dnes spočívá v samotné teorii, do které se vtělila. Santanův často citovaný výrok Kdo si nepamatuje minulost, je odsouzen prožít ji znovu v budoucnosti se zde zdá být jasný. Na počátku dvacátého století bylo rozpoznání šíření tuberkulózy krav zřejmé a svého času americké mléko obsahovalo nápis: tuberkulin testováno, což byl epitaf až 30 procentům lidských případů tuberkulózy před pasterizací způsobených tuberkulózou skotu nebo krav.

.