Evropská unie (EU) je významným aktérem v oblasti globálního zdraví a mezinárodních záležitostí a silně podporuje roli WHO jako vedoucí agentury pro zdraví, a to jak v celosvětovém měřítku, tak v regionu.

Evropská unie je přirozeným partnerem WHO/Evropy. Z geografického hlediska k ní patří nebo o členství usiluje více než polovina členských států evropského regionu WHO.

Hlavním partnerem WHO/Evropy v EU je Evropská komise, a to vzhledem k jejím správním, výkonným, legislativním a soudním pravomocem. Dále velmi úzce spolupracuje s Evropskou radou prostřednictvím předsednictví, Evropským parlamentem, Evropským výborem regionů a příslušnými agenturami EU, jako např:

• Evropské středisko pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC)
• Evropská agentura pro léčivé přípravky (EMA)
• Evropský úřad pro bezpečnost potravin (EFSA)
• Evropská agentura pro životní prostředí (EEA)
• Evropské monitorovací středisko pro drogy a drogovou závislost (EMCDDA)
• Evropská agentura pro bezpečnost a ochranu zdraví při práci (EUOSHA)
• Eurostat
• Evropská investiční banka (EIB).