Patogeneze: Většina druhů není významným patogenem a nezpůsobuje žádné nebo jen malé onemocnění. Některé druhy jsou však vysoce patogenní a způsobují katarální nebo hemoragickou enteritidu těžkou erozí slizničních membrán lýzou buněk, která vede k hojným vodnatým až krvavým průjmům. Klinické onemocnění se obvykle projeví až po kumulativním poškození tkání spojeném se schizogonií druhé nebo třetí generace. Středně postižená zvířata mohou vykazovat progresivní příznaky, jako je nízký přírůstek hmotnosti nebo úbytek hmotnosti, slabost a vyhublost, zatímco těžce postižení jedinci mohou brzy po objevení nemoci uhynout. Patogenita závisí na mnoha faktorech, jako je druh parazita, životaschopnost, infekčnost, virulence, tropismus, věk hostitele, stav výživy, imunologická způsobilost, jakož i převládající podmínky prostředí (teplota, vlhkost) a způsoby chovu. Mladá zvířata jsou nejvíce náchylná ke klinickému onemocnění, ačkoli u přeživších zvířat se vyvíjí silná specifická ochranná imunita proti následné infekci a onemocnění.

Způsob přenosu: Oocysty vylučované s trusem hostitele kontaminují vnější prostředí, ale než se stanou infekčními, musí projít vnitřní sporulací (tvorbou sporozoitů). Noví hostitelé se nakazí, když pozřou sporulované oocysty kontaminující potravu nebo zdroje vody (fekálně-orální přenos). Po požití oocysty a sporocysty excystují ve střevech a uvolňují obsažené sporozoity, které napadají buňky hostitele a zahajují merogonii. Mezi podněty k excystaci patří vhodné postgastrické fyzikálně-chemické podmínky, jako je hladina kyslíku, pH, žlučové soli, pankreatické enzymy atd.

Diferenciální diagnóza: Klinické příznaky se obvykle shodují s průchodností parazita (patentní období = období, během něhož se tvoří oocysty). Infekce se obvykle diagnostikují koprologickým vyšetřením trusu hostitele na přítomnost oocyst kokcidií (koncentrovaných různými sedimentačně-flotačními technikami). Neobarvené oocysty se nejlépe pozorují světelnou mikroskopií za použití suboptimálního procházejícího osvětlení (kondenzátor se stočí dolů, aby došlo k difrakci), fázového kontrastu nebo interferenční kontrastní optiky. Čerstvé vzorky trusu mohou obsahovat pouze nesporulované oocysty, takže diferenciální specifická diagnostika může někdy vyžadovat krátkodobé skladování, aby se usnadnila sporulace (k potlačení mikroflóry během skladování se často používá 2% dichroman draselný, ale ne u rybích druhů, a chlazení může proces zpomalit, pokud je to u vzorků z terénu nutné). Vědci v poslední době používají řadu molekulárních technik k charakterizaci genetické variability mezi jednotlivými druhy parazitů i v rámci nich, ale jen málo technik je vhodných pro rutinní diagnostické použití.

Léčba a kontrola: Progrese onemocnění je obvykle tak rychlá, že na jakoukoli terapeutickou (kurativní) léčbu může být jednoduše pozdě. Z tohoto důvodu se v mnoha odvětvích intenzivního chovu zvířat často používá k profylaktické (preventivní) léčbě kontinuální podávání léků v krmivu nebo ve vodě. K dispozici je široká škála léčiv, včetně léčiv s kokcidiostatickou (reverzibilní potlačující) nebo kokcidiocidní (ireverzibilní letální) aktivitou. Mezi hlavní skupiny léčiv patří sulfonamidy (sulfanilamid, trimethoprim, ethopabát), pyridinoly (klopidol, dekochinát), nitrobenzamidy (zoalen), organické arsenikály (roxarson), nitrofurany (furazolidon, amprolium), chinazolinony (halofuginon), polyetherová ionoforní antibiotika (monensin, laslocid, salinomycin, narasin), asymetrické (diklazuril) a symetrické (toltrazuril) triaziny. Bohužel se stále častěji objevují problémy s rezistencí na léčiva u mnoha druhů kokcidií, zejména na syntetická léčiva, která mají tendenci přetrvávat v populacích parazitů. Mnohá odvětví doporučují pravidelné střídání různých skupin léčiv a používání kombinovaných (koktejlových) léčiv, aby se minimalizoval výskyt rezistence. Většina kokcidiálních infekcí stimuluje rozvoj silných ochranných imunitních reakcí, i když přechodných, pokud nejsou premunitní (krátkodobé, pokud parazité nepřetrvávají). Bylo dosaženo značných úspěchů při tlumení pomocí imunoprofylaxe s použitím oslabených nebo předčasně vyspělých kmenů parazitů, zejména v drůbežářském průmyslu. Výzkumníci se nyní pokoušejí vyvinout rekombinantní subcelulární vakcíny. Ohniska nákazy lze obecně kontrolovat pomocí postupů řízení založených na zlepšování hygieny, snižování přeplněnosti, odstraňování kontaminované podestýlky a izolaci infikovaných jedinců. Chemická dezinfekce je obvykle nepraktická, protože oocysty jsou odolné vůči mnoha běžným dezinfekčním prostředkům.

.