Tato kapitola poskytuje přehled hub a eukaryotických řas, protože obě tyto skupiny sdílejí řadu morfologií – od vláknitých po buněčné. Houby spojují půdu svou vláknitou formou, exudáty a trofickými interakcemi se všemi ostatními skupinami půdních organismů. Houby jsou nesmírně důležité v koloběhu uhlíku a dusíku díky své schopnosti rozkládat složité substráty rostlinného původu, které představují až 90 % čisté primární produktivity ve většině suchozemských ekosystémů. Kromě toho mají obvykle mutualistické symbiózy, známé jako „mykorhizy“, mezi mnoha houbami a kořeny rostlin, stejně jako parazitické interakce vedoucí k mnoha chorobám rostlin obrovský dopad z ekologického i ekonomického hlediska. Dočasně nebo trvale zamokřené okraje řek, jezer a rybníků a rašelinné substráty bažin a slatinišť jsou domovem mnoha sladkovodních řas, kterým se nedaří daleko od vody. Rozmanité půdy mírného a tropického zemědělství, pastviny, lesy, arktická a vysokohorská tundra a dokonce i pouště jsou rovněž útočištěm překvapivě rozmanité a aktivní flóry eukaryotických řas i sinic. V této kapitole je zpracována klasifikace a charakteristika hub a eukaryotických řas spolu s ekologickými rolemi těchto skupin v půdě.