Los cráneos de las distintas subclases y órdenes varían en los aspectos que se mencionan a continuación. Además de las diferencias en las aberturas laterales del cráneo y en la forma y tamaño generales, las variaciones más significativas en los cráneos de los reptiles son las que afectan a los movimientos dentro del cráneo.

Como grupo, los cráneos de reptiles difieren de los de los primeros anfibios. Los reptiles carecen de una muesca ótica (una hendidura en la parte posterior del cráneo) y de varios huesos pequeños en la parte posterior del techo del cráneo. Los cráneos de los reptiles modernos también se diferencian de los de los mamíferos en muchos aspectos, pero las diferencias más claras se dan en la mandíbula inferior y las regiones adyacentes. Los reptiles tienen varios huesos en la mandíbula inferior, de los cuales sólo uno, la dentaria, lleva dientes. Detrás de la dentaria, un pequeño hueso, el articular, forma una articulación con el hueso cuadrado, cerca de la parte posterior del cráneo. En cambio, la mandíbula inferior de un mamífero está formada por un solo hueso, la dentaria; el articular y el cuadrado forman parte de la cadena de huesecillos del oído medio. Una transición casi completa entre estas dos disposiciones tan diferentes se conoce a partir de los fósiles de los primeros sinápsidos (orden Therapsida).

La dentición de la mayoría de los reptiles muestra poca especialización en una fila de dientes determinada. En los mamíferos existe una dentición que divide los grupos de dientes en incisivos distintivos parecidos a un colmillo, caninos parecidos a un colmillo y molares de corona plana, pero no se da en los reptiles. En su lugar, toda la hilera de dientes suele estar formada por largos dientes cónicos. Las serpientes venenosas tienen uno o varios colmillos huecos o estriados, pero tienen la misma forma que la mayoría de los dientes de las serpientes. Las principales diferencias entre las especies radican en el número, la longitud y la posición de los dientes. Los cocodrilos, entre las formas vivas, y los dinosaurios, entre las formas extinguidas, sólo tienen una fila de dientes superior y otra inferior. Las serpientes y muchos grupos de reptiles extintos tienen dientes en los huesos del paladar (vómer, palatino, pterigoideo) y en los huesos de la mandíbula superior (premaxilar, maxilar). Sin embargo, sólo hay una fila de dientes en la mandíbula inferior.

Los lagartos tienen dientes bicúspides o tricúspides de forma cónica o bladel. Algunas especies tienen dientes cónicos en la parte delantera de las mandíbulas y dientes cúspides hacia la parte trasera, pero estos últimos no son comparables a los molares de los mamíferos ni en forma ni en función. (Las tortugas, excepto las primeras especies extinguidas, carecen de dientes. En cambio, tienen placas córneas superiores e inferiores que sirven para morder trozos de comida.

Los dientes de los reptiles también están menos especializados en su función que los de los mamíferos. Los reptiles carnívoros más grandes sólo están equipados para arrancar o morder grandes trozos de sus presas y tragarlos sin masticar. Los lagartos insectívoros, que constituyen la mayoría de todos los lagartos, suelen romper el exoesqueleto de sus presas de insectos y luego se las tragan sin triturarlas. Las serpientes se limitan a tragar sus presas enteras sin ninguna reducción mecánica, aunque las heridas punzantes permiten que las enzimas digestivas entren en la presa para ayudar a la digestión.

Muchos reptiles desarrollaron articulaciones (además de la bisagra para la mandíbula inferior) dentro del cráneo que permiten el ligero movimiento de una parte con respecto a otras. La capacidad de tal movimiento dentro del cráneo, llamada kinesis, permite al animal aumentar la abertura de la boca y, por tanto, es una adaptación para tragar objetos grandes. Al parecer, algunos de los grandes dinosaurios terópodos carnívoros (como el Allosaurus) tenían una articulación entre los huesos frontal y parietal en el techo del cráneo. Todos los reptiles del superorden Lepidosauria (lagartos, serpientes y tuatara) tienen cráneos cinéticos, pero se diferencian de los dinosaurios en que la articulación en el suelo del cráneo se produce en la unión de los huesos basofenoides y pterigoides en los lepidosaurios.

Los cráneos de los lepidosaurios se volvieron cada vez más cinéticos a medida que evolucionaban nuevos grupos. Los Sphenodontia (que incluyen a los tuatara vivientes) y sus antecedentes, los Rhynchocephalia, sólo tenían la articulación base-fenoidea-pterigoidea. Los lagartos perdieron la barra temporal inferior, liberando así el hueso cuadrado y permitiendo un mayor movimiento a la mandíbula inferior, que está articulada al cuadrado. Finalmente, en las serpientes, esta tendencia culmina en el cráneo más cinético entre los vertebrados. Los cráneos de las serpientes poseen la base ancestral de la articulación esfenoidal-pterigoidal, un cuadrado muy móvil (que da aún más movilidad a la mandíbula inferior) y mandíbulas superiores capaces de girar sobre sus ejes longitudinales y de moverse tanto hacia delante como hacia atrás. Muchas especies de serpientes también tienen una bisagra en el techo del cráneo, entre los huesos nasal y frontal, que permite elevar ligeramente el hocico. En resumen, la única parte del cráneo de una serpiente incapaz de moverse es la caja del cerebro.