El valor del logP de un compuesto, que es el logaritmo de su coeficiente de partición entre n-octanol y agua log(coctanol/agua), es una medida bien establecida de la hidrofilia del compuesto. Las hidrofilicidades bajas y, por lo tanto, los valores de logP elevados provocan una absorción o permeabilidad deficientes. Se ha demostrado que para que los compuestos tengan una probabilidad razonable de ser bien absorbidos, su valor logP no debe ser superior a 5,0. La distribución de los valores logP calculados de más de 3.000 fármacos en el mercado subraya este hecho (véase el diagrama)

Nuestro método de cálculo interno de logP se implementa como un sistema de incremento que añade las contribuciones de cada átomo en función de su tipo de átomo. En conjunto, el motor de predicción cLogP distingue 368 tipos de átomos que se componen de varias propiedades del propio átomo (número atómico y pertenencia al anillo) y de sus vecinos directos (tipo de enlace, estado de aromaticidad y número atómico codificado). Se utilizaron más de 5.000 compuestos con valores logP determinados experimentalmente como conjunto de entrenamiento para optimizar los 369 valores de contribución asociados a los tipos de átomos. El gráfico de correlación (véase el diagrama) muestra los valores logP calculados frente a los determinados experimentalmente de un conjunto de prueba independiente de más de 5000 compuestos que son diferentes del conjunto de entrenamiento.